首先要找出前端網頁中允許使用者輸入的部分，像是表單標籤<FORM>內允許輸入的欄位或選單部分，這些允許使用者輸入的部分，表示使用者可以自行決定要輸入的，正常的內容當然是最好，但也可能是超出允許範圍之外的內容，甚至是帶有惡意的程式碼，這通常也是嘗試入侵時會被利用的點。一般常見的例子像是使用者登入時的帳號密碼欄位等。此外，許多動態產生的連結URL也是容易被利用的輸入點，例如：http://www.example.com/query.php?qid=13313&uid=31331&page=2其中qid、uid、page都是有機會讓使用者修改輸入的輸入點，而在PHP中會以$_REQUEST、$_POST、$_GET等參數傳入網站應用系統，後續再處理與應用。

設變數接受輸入
一般來說，程式要使用外部輸入的資料時，要避免直接使用$_REQUEST、$_POST、$_GET這些原始輸入，較安全的方法通常是先設個變數接收，然後依據變數的用途，執行必要的檢查與過濾後再使用，如此一來，只要程式設計師養成好習慣，例如︰「不使用原始輸入資料」、「輸入資料過濾檢查後再使用」，效果就像在網路上部署防火牆一樣，能將外部資料與內部的資料處理流程區隔開來，並檢查與過濾進入內部的所有資料，符合條件者才准傳入。這是建立「輸入驗證」防線的基礎原則。

限制輸入環境
輸入環境的限制是一種避免出現非預期輸入的方法。如果有明確的輸入選項，就不要提供文字輸入欄位，例如性別在絕大部分情況下，只有「男」與「女」兩個選擇，就不要提供使用者有輸入「石頭」的機會；一年不會超過12個月，每個月都有固定的天數，這些最好都做成選單讓使用者選擇。

就算不是選項型態，多半也有固定的格式，也因此會有固定的條件限制，例如信用卡號碼為16碼的數字，就不會有英文、數字混雜的情況；像身份證字號本身有特定的編碼方式，也可以使用公式驗證；電子郵件帳號一定要「@」，這些都是很實際的例子。

利用白名單選項，也是一種做法。限制輸入的可能性，或限制輸入的格式、型態、長度、內容等，只要條件越明確，就越能避免有非預期的輸入。通常網頁程式設計師會利用JavaScript與正規表示式（Regular Expression）預先檢查輸入的內容，不過，JavaScript的限制功能多半很容易就被繞過或是關閉，只能「防君子不防小人」，還是要在伺服器端對這些輸入再驗證一次，比較保險。

在輸入過濾檢查工作前，仍需要先瞭解資料要輸入的環境，例如會在哪些環境下使用，這樣才知道後面需要設定什麼過濾檢查的條件。舉例來說，如果我們知道變數$var將要傳入SQL語法中當作關鍵字查詢，我們才會知道除了要檢查與過濾$var內容的合理性之外，還需要考慮$var在SQL語法中的限制，這樣對$var的過濾檢查才會完整；如果$var會傳進system()，作為Linux執行指令的一部份，就要考慮$var會對Linux指令造成的影響而預先過濾，這時的過濾條件又跟之前用在SQL語法時是不同的。

防止SQL Injection大部分開發者都會應用 addslashes() 來防止SQL Injection的發生，但addslashes()只會過濾單引號（'）、雙引號（"）、反斜線 backslash（\） 以及空字元 NUL（(the null byte，特殊攻擊仍有辦法跳過檢查。而php.ini中的magic_quotes_gpc選項雖然能夠在$_GET,$_POST,$_COOKIE這三種輸入執行過濾，但因為動作與addslashes()雷同，如前所述，一樣有被跳脫的疑慮。
所以，我們建議採用資料庫提供的過濾函式，譬如MySQL可以使用mysql_real_escape_string()濾除跳脫字元，也免除了針對每個輸入都加上過濾函式的繁瑣工作。

如果PHP程式中有呼叫系統指令，則可以使用escapeshellcmd()過濾Shell內的一些有意義的特殊字元，或是乾脆使用escapeshellarg()，將所有可能的輸入參數都濾除，這樣可以防止Command Injection的發生。

當輸入資料的用途是指出系統內的某個或某些檔案時，例如應用在require()、require_once()等，應該限制僅允許輸入檔名，將目錄寫死或設定絕對路徑，也可以將「../」這樣的目錄跳脫濾除，來避免Code Injection的問題。

輸出、輸入都要檢查，防XSS
內容輸出前，也需要進行過濾檢查，避免插入了非預期的網頁內容、修改網頁呈現，甚至插入惡意的JavaScript，也就是Cross-Site Scripting（XSS）。在PHP中可以使用htmlspecialchars()將 & > " < 轉成HTML字串格式，例如：
* & (和) 轉成 &amp;
* " (雙引號) 轉成 &quot;
* < (小於) 轉成 &lt;
* > (大於) 轉成 &gt;
這樣可以避免使用者的輸入中當有<IFRAME>、<SCRIPT>這些HTML標籤時會被瀏覽器當成網頁內容而執行。如果資料輸入時本就不允許輸入HTML標籤，不如直接在輸入檢查時，以strip_tag()直接濾掉，免除後患。

總而言之，完善的輸入驗證（Input Validation）可以預防大部分的網頁資安問題，而完善的輸出驗證（Output Validation）則可以防止OWASP 2007 Top 10排名第一的XSS攻擊。做好這些輸出入驗證工作，便可以有效強化PHP網頁程式的安全性。