有兩種方式：
1. 用 mysqldump 從 5.0 匯出 SQL 檔，再在 5.5 用 mysql 指令匯入。此方法最保險，但如果資料量大，時間也會耗最久。最重要的是 mysqldump 參數要下對，要不然匯得出來匯不回去。

2. 用逐步升級的方式。從 5.0 升到 5.1，再從 5.1 升到 5.5。方法如下：
a. 停掉 5.0，將資料庫目錄搬到其它地方，然後移除 mysql 5.0
b. 安裝 5.1，複製 5.0 的資料庫到 5.1 的資料庫目錄，記得兩個目錄不要複製：mysql、performance_schema
c. 啟動 5.1，並執行 mysql_upgrade，確定訊息沒錯誤問題
d. 重覆 a~c，用 5.5 換掉 5.1
e. 執行 5.5 的 mysql_upgrade 沒問題之後，再 restart 一次就完成升級了

這個方法很快，但是關鍵點在於：新版本的 mysql 是否能啟動舊版本的資料庫。如果可以的話，就很順利，如果不可以，那就得回到第一種方法。
我自己試過 5.0→5.1→5.5 是 OK 的。如果你要挑戰 5.0→5.5 也行，只要 5.5 MySQL 可以啟動 5.0 的資料庫，再執行 mysql_upgrade 那就沒問題了。