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看您習慣那一個
都可以試試

如果登入主機有個別的帳密,可由server的登入資訊去查詢

先看看工作管理員 分頁檔使用量是不是超過實體記憶體了 因而一直在存取硬碟的虛擬記憶體

會不會硬碟快壞去了...
用hd tune看看吧...

1. 如果該 Win2003 是當 File Seever 用的話 .............
   我的電腦→滑鼠右鍵→管理→系統工具中的共用資料夾→開啟檔案 查詢現在有哪些檔案被哪些使用者開啟，再反查這些檔案大小狀況。
2. 如果該 Win2003 是當 ISA(網際網路分享) 的話 ..........
   應該是資源不足，硬碟被拿去當虛擬記憶體用，如果主機有超過 4G 以上的實體記憶體空間時，建議使用 RamDisk 將記憶體轉成硬碟，再將虛擬記憶體掛到這個硬碟上，確保系統運作均跑實體記憶體。
3. 其他用途 .................
   開啟工作管理員察看是哪些程式在運作，試著去停掉耗較高資源的應用程式或是佔用較高處理器的應用程式。再者，可能硬碟快故障抑或是該電腦硬碟規劃上不足反應使用原本用途，造成硬碟不斷讀取寫入資料，也會造成這個情況。

之前我也有遇過類似的問題,不過主要是在本機
但是基本原理是一樣的
請先使用filemon
http://technet.microsoft.com/zh-tw/sysinternals/bb896642(en-us).aspx
中文的下載說明
http://www.microsoft.com/taiwan/technet/sysinternals/fileanddisk/filemon.mspx

使用這個程式你可以視不同的Disk 來進行觀察,看看是什麼檔案及什麼process 正在大量的存取,接下來如果可以,就手動把一個個大量存取的程式排除,再觀察狀況
基本上就可以找到真正造成硬碟大量讀寫的process,找到process 後,再針對process 的狀況去解吧,因為可能性太多,就不在這裏癈言

有空歡迎多看一下MS 的 systeminternal tools ,這是以前的 pstools 系列
是一些針對系統底層的工具程式,很好用的
至於像前面幾位所說的一些類似的功能,在systeminternal tools 裏都有
只是很多資料是原文的,要小小花一點時間看就是了[還有另一個缺點,你要對系統很熟...]
EX:RegMon、PortMon、Process Explorer

在server端先開工作管理員，看哪個程式占用CPU or 記憶體!
如果server是當Terminal Server 可以勾選工作管理員下方的-->顯示來自所有User的處理程序,可找出哪個User占用資源!
網路也看一下使用的%數!

用Process Explorer可以查看電腦中所有正在運行的程序
http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb896653.aspx