以下維針對妳的問題我個人的猜想
先理清一下條件
1.資料庫放台灣：應該指的是交易資料
2.台灣-上海的連線:建議用IPSEC vpn,至於是用防火牆或是其他方式搭建或是用 SSL VPN,或是其他方式VPN,重點是要做加密,與安全確認（防毒防駭機制等等...）
3.金蝶與用友可以直接報帳,不過要去稅務局認證用一台合法正版WINDOWS ＯＳ軟件,可以請他們的人來你公司裝或是你將電腦帶去稅務局,記得原版軟體帶去證明一下序列號
4.將進存資料從台灣拉回上海導入金蝶（假設您用金蝶）,可以匯出excel導入或是下載後上傳導入,若要直接連線我會比較不建議（你不擔心嗎？他們的國營軟件,還是我多慮）
5.請財務制定遊戲規則與幣別,還是分清楚當地的進銷存單子,直接在那裡做,幣別在台灣處理,這樣就可以完全導入
6.有一些特異功能可以在導入或是上傳時 解決你想解決的事,重點這一些東西建議在台灣先處理好
7.祝貴公司生意欣隆

如果人數不多,建議使用Windows server內建的VPN連線應該就足夠了,不需多花錢.

遠端桌面如沒有另外購買授權就只能2+1
效能倒是還不錯
但是需注意遠端桌面所呈現的是遠端的OS 繁簡體要注意一下

這個問題, 首先要知道貴公司會計軟體的涵概範圍.
如果也包括台灣的營業稅申報部份, 那就要考慮將這部份抽離, 只在台灣使用.對大陸業務部份, 則使用當地的營業稅申報軟體,金蝶系統.
還有,以您的問題看來,公司是剛開始跨國投資或剛考慮整合系統的. 這時,會計系統應該考慮轉投資架購過程的一些公司,同時增加一些會計科目,以方便之後帳務合併,沖銷的問題.