Just recall happened one time before. RHEL 4.6 with Lotus Notes 6.0, after relocation & Power-up, all of mount-points gone. (Before relocation, harddisks took away from the DELL 2850 server (2xunits) with Notes cluster).External storage is NetApp FAS (NAS-Filler).
After reboot one more time and issued "mount all" command, all of mount-points come back again.

check /etc/fstab 是否有被動過

/usr /var /home是掛載到獨立的分割區嗎？是否有人手癢癢，下了umount指令？因為動了fstab開機是不會再回來的！所以，被單獨下umount的機會高一點～

通常是中毒~之前遇到一次,也是類似這樣的問題
第一次灌好ghost後,使用約2天,又抓不到網址
後來將ghost重裝後可以用,
但是奇妙的是,過一天又不行,而且這次,連ghost都不能用
最後解決的方式!!!是整台format後,重來,問題才不見!!

曾經碰過類似的問題，
是因為硬碟快要掛了。
通常可能是因為有壞軌或什麼的，
造成系統無法讀取掛取的分割部份。

由於Linux是「非磁碟導向」的OS，
所以開機時的SSH是常駐的，
所以就算在讀不到其他分割區時，
因未用到 /usr 時，就仍能登入。
但進入系統後，要執行 ls 或 netstat 等指令，
因讀不到 /usr 就無法執行了。

看能不能執行dmesg或
或看一下 /var/log/messages，
看是否有磁碟相關的警示訊息。
(讀不到分割區後，可能就無法寫到log裡，
但至少看得到之前的警示訊息)

在以前還是用老舊SCSI硬碟時，
就會碰到類似情形，
所以最好趕快把硬碟裡的資料備份起來，
也要有換硬碟的準備。

如果怕被入侵，last跟secure log查一下看看有沒有異常登入。另外看看/tmp目錄有沒放奇怪的東西。

如果怕是從http/php進來，查一下apache的log看看有沒有痕跡。

SELINUX有打開嗎？你用的是哪個distribution？