會抓第一行，其它就用迴圈抓就行了不是嗎？
如果 A~I 會增加，那就是第一層 while() 迴圈
如果 T,S,U 會增加，那就是 foreach() 迴圈
如果 T1~T8,U1~U5 會增加，那就再一層 while() 迴圈
虛擬碼大概就像醬

<pre class="c" name="code">while() /* 從 A 取到 I */
{
	foreach() /* T,S,U,... */
	{
		while() /* T1,T2,T3 */
		{

		}
	}
}

去年的發問現在的狀態還是"發問中"？我來試著回答。
1.第1列應該是固定的標題區，第2列以後是可變動的列數。

2.合併後的儲存格，會以左上角那一格做為該格的座標。
如果撇開你表格裡面自訂的ABCD不管，以Excel的格式來說，T這一格的座標就是A2。
因為它是最左邊，所以是A，最上面是第2列，所以這一格的座標是A2。

3.有了第2點規則，你就可以設定一個陣列，取得所有資料。

4.問題是如何設定這個陣列，如何設定元素名稱？
先提一下，你的圖會讓人誤解。
因為你的圖也用了ABCD...，讓跟Excel內建的欄位名稱混淆。
你的A實際上是D，左上角89.96這個儲存格，實際上是D2

<pre class="c" name="code">$highestRow = $sheet->getHighestRow();//取得最多列數
$highestColumn = $sheet->getHighestColumn(); // 取得最多欄數
for($r=2; $r<=$highestRow; $r++){ //對所有列做迴圈。 第1列是標題，從第2列開始
	//對同一列所有欄位做迴圈
    for($n=3; $n<$highestColumn; $n++){ 
	//要注意的是：橫座標從0開始，也就是A=0, B=1(Excel座標)。 而且這是從3開始，所以實際上是第4欄，也就是你的A欄(以Excel座標來講的話，應該是D欄)。
		
		$key3 = trim($sheet->getCellByColumnAndRow(0, $r)->getValue()); //T, S, U
		if(!empty($key3)){
			//如果key值不是空，把$lastKey3設成這個key值
			$lastKey3 = $key3;
		}
		else if(!empty($key3)){
			//如果key值是空，把$key3等於上一個不是空的那個key值．
			$key3 = $lastKey3;
		}
		
		$key2 = trim($sheet->getCellByColumnAndRow(1, $r)->getValue()); //t1, t2, s1, s2...
		//一樣要加上一段判斷，請複製後修改。
	   
		$key1 = chr($n+62); //要注意，這裡的內容不是key值，例如 89.96 是內容，你上面的A才是key值。
		//那要怎麼取得A呢？用chr這個函數可以把ASCII代碼轉成字元。 這樣當 $n==3 的時候，就會得到A這個字母。
		
		$value = trim($sheet->getCellByColumnAndRow($n, $r)->getValue());
		
		$array[$key1][$key2][$key3]= $value;
	}
}	

$array 就是你要的資料
概念大概是這樣，程式如果有錯請再自己修正。
可以參考：PHPExcel - 讀取Excel檔