先針對這次的問題回答
warning訊息是「statement is unreachable」
指的是「永遠不會執行到」Delay_uSec(2000)這列程式碼

因為

3266 while(1)   //這是永不停止的無窮迴圈
3267    PE5=0;  //而迴圈裡只會執行這列

在不知道這3000多列的程式在做什麼的前提之下
可能的改法如下

3262 case 52: {
3263    PA12 = 0;
3264    PB11 = 0;
//3265    {                 //刪掉
//3266    while(1)          //刪掉
3267    PE5 = 0;
3268    Delay_uSec(2000);
3269    PE5 = 1;
3270    Delay_uSec(8000);
3271    }
3272    break;

另外講點良心的建議
你的問題一路看下來
真的只有四個字可以形容：越級打怪
建議你真的要考慮一下
要不要修正一下目前的工作內容
真心不騙

土法煉鋼的PWM呼吸燈可以這樣寫就好了

int count1=0,count2=10000;

while(1)
{
	PE5=0;
	Delay_uSec(count1);
	PE5=1;
	Delay_uSec(count2);

	if(count1>=10000)
	{
		count1=0;
		count2=10000;
	}
	else
	{
		count1+=1000;
		count2-=1000;
	}
}

count數字再自己調看看