因為你有兩層要做類似動作， 我寧願用 Function 方式實作； 說明丟註解內：

@echo off
@rem chcp 950 
setlocal EnableDelayedExpansion
@rem ## 
set "folder1=D:\Test"
@rem ## 
@rem ## myCreepyMove: %1:Path; %2:FilePart; %3:FolderPart;
for /d %%G in ("%folder1%\*") do (
  @rem 將第2層文件移動到第3層中
  call :myCreepyMove "%%~G" "0,4" "0,4"
  for /d %%H in ("%%~G\*") do (
    @rem 將第3層文件移動到第4層中
    call :myCreepyMove "%%~H" "4,2" "0,2"
  )
)
echo Done;
goto :eof
@rem ## 
:myCreepyMove
@rem ## 將目標目錄下的檔案， 依照名稱擷取索引敘述與子目錄比對， 
@rem ## 比對符合時搬移至子目錄； 
@rem ## %1: 目標目錄路徑; 
@rem ## %2: 檔案名擷取索引敘述; 
@rem ## %3: 目錄名擷取索引敘述; 
setlocal
for %%A in ("%~1\*") do (
  @rem ## 針對每個檔案， 呼叫 myCreepyMoveP01 處理；
  call :myCreepyMoveP01 "%~1" "%~2" "%~3" "%%~nxA"
)
endlocal
goto :eof
@rem ## 
:myCreepyMoveP01
@rem ## 為節省資源 (or 忽略錯誤)， 在檔案搬移後， 就不繼續比對； 
@rem ## 所以分出這段， 以 `goto :eof` 作為 `break`。
setlocal
set "myFN=%~4"
for /d %%B in ("%~1\*") do (
  set "myDN=%%~nxB"
  if "!myFN:~%~2!"=="!myDN:~%~3!" (
    echo Matched: [!myFN!] with folder [!myDN!] in [%~1];
    move "%~1\!myFN!" "%~1\!myDN!"
    goto :eof
  )
)
endlocal
goto :eof
@rem ## 
:EOF

另， 我是覺得， 對檔案名稱剖析出該放置的位置後， 直接從第二層搬到第四層比較快：
( 或許， 你有需要用到遺留在第三層的檔案？ )

@echo off
@rem chcp 950 
setlocal EnableDelayedExpansion
@rem ## 
set "folder1=D:\Test"
@rem ## 
for /d %%A in ("%folder1%\*") do (
  for %%B in ("%%~A\*") do (
    set "filename=%%~nxB"
    set "DestPath=%%~A\!filename:~0,4!\!filename:~4,2!"
    if exist "!DestPath!" (
      echo Matched: ["%%~nxB"] with folder [!DestPath!];
      rem move "%%~B" "!DestPath!"
      call :tryMove "%%~B" "!DestPath!"
    ) else (
      echo Can not find folder for [%%~nxB]; 1>&2 
    )
  )
)
echo Done;
goto :eof
@rem ## 
:tryMove
@rem ## 就只是加個目標路徑的目錄屬性檢查；
setlocal
set myAttr=%~a2
if "%myAttr:~0,1%"=="d" (
  move "%~1" "%~2"
) else (
  echo [%~1] is not a folder; 1>&2 
)
endlocal
goto :eof
@rem ## 
:EOF

因為有人提到 PowerShell， 所以給個雙模式的 .ps1 給你參考：
( 因為 隨便寫 + 亂塞東西， 看起來有點大～ 其實依需求選用內容會很小喔～ 應該～～ )

## This is a '.ps1' file;
## 宣告主要函式;
function run-myMain {
	$folder1 = 'D:\Test'
	## 
	## myCreepyMove 使用版本選擇: 在下方第三行的 "[0]" 內選用 "0" or "1";
	Set-Alias 'myCreepyMove' @(
		'myCreepyMoveRev1', 'myCreepyMoveRev2'
	)[0] -Scope Script 
	Write-Host (
		"Alias[myCreepyMove]: " `
		+ "$($(Get-Alias myCreepyMove).ResolvedCommand.Name);"
	)
	## 取得資料夾內子物件的集合; 就是第二層的那些資料夾; 
	$myCol01 = Get-ChildItem $folder1 -Directory
	$myCol01 |%{ ## "%": alias of ForEach-Object;
		## 將第二層的那些資料夾， 每一個都丟給 myCreepyMove 處理; 
		myCreepyMove $_ (0,4) (0,4)
		Get-ChildItem $_ -Directory |%{
			## 給 myCreepyMove 處理第三層的資料夾; 
			myCreepyMove $_ (4,2) (0,2)
		}
	}
	## 
	return
}
## 宣告 myCreepyMoveRev1 函式;
function myCreepyMoveRev1 {
	<##
此函式用途: 將目標目錄下的檔案， 依照名稱擷取索引敘述與子目錄比對， 
比對符合時搬移至子目錄； 
	#> 
	param(
		## $target: 目標目錄路徑; 
		$target = $(throw "Target parameter is required."), 
		## $FNSA: 檔案名擷取(Substring())用; 
		$FNSA = $(throw "`"File name Substring() parameter`" is required."),
		## $DNSA: 目錄名擷取用; 
		$DNSA = $(throw "`"Directory name Substring()`" parameter is required.") 
	)
	## 取得資料夾內子物件的集合;
	$myCol01 = Get-ChildItem $target
	## 取得資料夾內子物件的集合;
	$myCol01 |?{ ## "?": alias of Where-Object
		## 過濾出檔案;
		-not $_.PSIsContainer
	}|%{
		$myFile = $_
		$myCol01 |?{
			## 過濾出目錄;
			$_.PSIsContainer
		}|?{
			## 過濾出名稱片段比對符合的目錄;
			$myFile.Name.Substring($FNSA[0],$FNSA[1]) `
			-eq $_.Name.Substring($DNSA[0],$DNSA[1])
		}|%{
			Write-Host ( `
				"Matched: [$($myFile.Name)] with folder [$($_.Name)] " `
				+ "in [$($myFile.Directory)];" `
			)
			if(Test-Path $myFile){
				## `Test-Path $myFile` 檢查是為了略過檔案早已被搬走的錯誤;
				## 畢竟 break 不會做用於 ForEach-Object 上;
				Move-Item $myFile.FullName $_.FullName
			}
		}
	}
}
## 宣告 myCreepyMoveRev2 函式;
function myCreepyMoveRev2 {
	<## 用途和 myCreepyMove 一樣～ #> 
	param(
		$target = $(throw "Target parameter is required."), 
		$FNSA = $(throw "`"File name Substring() parameter`" is required."),
		$DNSA = $(throw "`"Directory name Substring()`" parameter is required.") 
	)
	## 分類至集合;
	$myFiles01 = @()
	$myFolders01 = @()
	Get-ChildItem $target |%{
		if($_.PSIsContainer){
			$myFolders01 += $_
		} else {
			$myFiles01 += $_
		}
	}
	## 比對與搬移;
	foreach($file in $myFiles01){
		foreach($folder in $myFolders01){
			if(
				$file.Name.Substring($FNSA[0],$FNSA[1]) `
				-eq $folder.Name.Substring($DNSA[0],$DNSA[1])
			){
				Write-Host ( `
					"Matched: [$($file.Name)] with folder [$($folder.Name)] " `
					+ "in [$($file.Directory)];" `
				)
				Move-Item $file.FullName $folder.FullName
				break ## 搬走檔案後不用比對了～
			}
		}
	}
}
## 執行主要函式; 於結束時提示; 
run-myMain; Write-Host "`aDone;"; 
## 

在 Windows 上， PowerShell 與 Win-Cmd 的選用， 我個人感想是看需求或編程能力。
例如就你的案例而言，我個人是偏好用 Win-Cmd， 因為 Win-Cmd 輕巧快捷， 而且我有 Batch-Script 相當的基礎與經驗。
只有需要 PowerShell 限定功能， 我才會用 PowerShell； 因為 PowerShell 跟 Win-Cmd 比起來， PowerShell 太肥了～ (認真貌～)
( 複雜的要命的作業我就偏好 Python， 那語法糖太好吃了～ 若還加上效能需求就得去寫程式來編譯使用了～ )

若是新手， 我是推薦 C 語言， 在 Windows shell script 上， 我是推薦 PowerShell ， 畢竟跟 Windows 系統整合度很高， 只是要注意版本差異、 程式呼叫處理等各種可能遇上的神奇狀況。
( PowerShell 除了版本號的差異外， 現在還有平台上的差異 (or here) ， 真是多采多姿～～ )

關於 Win-Cmd 的語法參考， 小推 SS64 這裡， 查資料很方便～
( SS64 也有提供其他語言的參考文件， 不過我在這裡幾乎只是查閱 Win-Cmd 的語法～ )

(線上)畫圖的話， 小推一下 Diagrams.net / draw.io ； 雖說我也不常用， 但應付臨時而隨便的需求時還不錯用～