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2019 iT 邦幫忙鐵人賽
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自我挑戰組

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路 系列

Julia宣稱自己語法有如Python/Matlab一樣簡潔明瞭,但執行效能卻接近C語言,這樣的特性深深地吸引著身為生物資訊從業人員的我。趁著這次的鐵人賽,決定利用這段時間督促自己能盡快上手Julia,從Julia的基本語法到BioJulia專案中各種工具的介紹,藉由分享來學習,也算是為日後自己有需要時,能有一份參考筆記。

鐵人鍊成 | 共 32 篇文章 | 22 人訂閱 訂閱系列文 RSS系列文
DAY 10

[Day 11] 使用Julia處理Fastq/SAM/BAM/VCF/BED/GTF檔

需求 前幾天談到的東西幾乎都是與序列比對有關,特別是BLAST之類的比對方法及結果。今天要談的是另外一些比對工具產生的結果,以及怎麼使用Julia底下的工具來處...

2018-10-11 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 11

[Day 12] 關於Julia裡頭的繪圖

萬事具備,就欠東風 某種程度上來說,雖然Julia目前所擁有的生物資訊相關套件並沒有R或是Python來的多,但無法很快地吸引很多朋友來跟著學習使用這個新語言最...

2018-10-12 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 12

昨晚的Julia Taiwan Meetup與今早的北-BiO Meetup

今天不寫技術文 這次參加這個鐵人挑戰賽,部份的原因也是因為受到Julia Taiwan社群發起人杜岳華所鼓舞。從以前知道這個語言,到後來真的看到有人將這個語言應...

2018-10-13 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 13

[Day 13] Julia也能用來分析RNA選擇性剪切耶

今天打算來分享一篇最近才發表在Cell期刊系列的子期刊 ― Molecular Cells上面的論文:Efficient and Accurate Quanti...

2018-10-14 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 14

[Day 14] 今天繼續講Whippet這個工具

關於昨天寫的Julia也可以用來分析RNA選擇性剪切一文 後來發現這系列不只有讀者,竟然還有response之後,今天就繼續來談一下Whippet.jl這個工具...

2018-10-15 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 15

[Day 15] 分析Copy number variation系列(零)

關於這系列 我預計用4+1篇的篇幅來講一下關於所謂的拷貝數變異的問題、如何分析拷貝數變異、有哪些演算法及實作,以及最後的在Julia底下該怎麼來分析這種資料。...

2018-10-16 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 16

[Day 16] 分析Copy number variation系列 (壹)

昨天我提到了CNV 在昨天開啟了copy number variation系列文的篇章之後,簡單地介紹了CNV是什麼,以及CNV的生物意義,今天我將來介紹目前常...

2018-10-17 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 17

[Day 17] 分析Copy number variation系列 (貳)

繼續昨天的話題 昨天的文章簡單地介紹了幾種偵測CNV的實驗方法及其原理,原本想繼續寫關於CNV-calling的東西,不過這幾天實在是休息不夠,狀態不是很好。這...

2018-10-18 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 18

[Day 18] 分析Copy number variation系列(參)

昨天介紹了分析Array-based資料當中CNV的一種方法 所以今天就不意外地要介紹一下目前用來分析NGS資料當中CNV的方法了!根據Computationa...

2018-10-19 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 19

[Day 19] 分析Copy number variation系列(肆)

回顧一下前兩天 在前兩天的文當中,我分別介紹了應用在SNP array及NGS資料上的CNV-calling方法,今天就來看看如果我想使用julia底下的工具來...

2018-10-20 ‧ 由 nostalgie1211 分享