鐵人檔案
Julia宣稱自己語法有如Python/Matlab一樣簡潔明瞭，但執行效能卻接近C語言，這樣的特性深深地吸引著身為生物資訊從業人員的我。趁著這次的鐵人賽，決定利用這段時間督促自己能盡快上手Julia，從Julia的基本語法到BioJulia專案中各種工具的介紹，藉由分享來學習，也算是為日後自己有需要時，能有一份參考筆記。
經過了將近一週 我自己大概地將CNV-calling的方法快速瀏覽過一遍了，今天先花了點時間找了一下看有哪些工具我自己不需要重寫過一次，歸納如下： 讀寫及操作...
前面兩週都在講Bio 為了後面寫程式可以避免犯錯，今天得回過頭來讀一下Julia的說明文件，尤其是那些我之前在其他語言比較沒碰過的規範。今天我得回過頭來看的一個...
為什麼要來看一下unit test呢？ 老實說，我本身並不具有資訊工程相關背景，一開始也沒聽過什麼unit test。但自從踏入了生物資訊這個領域，隨著開發的東...
為什麼今天練習這個呢？ 在生物資訊領域裡頭其實有非常多的工具或是演算法都是用Hidden Markov Model (HMM)去實作的，但不才我因為生性懶散，所...
Read-depth 由於這陣子在搞的東西跟CNV有非常大的關係，所以也陸續參考了不少文獻。前面我提過了絕大多數的演算法都是基於read depth這個值衍生出...
Nextflow是啥？ Nextflow是一種基於Groovy語言寫成的workflow framework。Workflow framework對我們這些搞生...
還記得前幾天有談到的scope issue 當時一開始只是自己在寫loop時，發現全域變數在for-loop當中無法被改變，查看了官方文件之後，才知道原來是sc...
其實之前在寫R的時候就用到了後來所知道的metaprogramming 以前為了想要讓自己用R寫的一段程式碼可以自動化地生成一堆變數，然後這些變數還可以在後面繼...
說到Module 在看了官方說明文件的解說之後，仍然有點霧煞煞，我還是先以R語言中的namespace加上environment來理解它好了。簡單說，我認為Ju...
單細胞定序 以往我們在說NGS—也就是所謂的次世代定序時，所使用的樣品DNA其實都是來自某塊組織裡的細胞（假設使用的是人類的樣品），還記得以往我們學生物學時學過...
