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第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽
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自我挑戰組

猶豫就會敗北,果斷就會白給|園藝 boy 的生物資訊冒險記趣,跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列

給生物出身同學的生物資訊入門小指南,搭配各種數位工作術小技巧,讓我們的學術之路更順遂~

鐵人鍊成 | 共 30 篇文章 | 6 人訂閱 訂閱系列文 RSS系列文
DAY 1

RNA-Sick@Day1 > 你己被選中成為「賽博格研究生」|生物資訊 の 冒險記趣 feat. Phylo

想寫點生物資訊的東西,為什麼要扯賽博格 生物資訊 (bioinformatics) 是利用應用數學、資訊學、統計學和電腦科學的方法研究生物問題的學門;賽博格...

2019-09-16 ‧ 由 RNA-Sick 分享
DAY 2

RNA-Sick@Day2 > 一旦接受了這種設定,操作起電腦還是挺帶感的嘛|像個駭客一樣用電腦 feat. Terminal (終端機)

喜歡打字嗎?那你先不要用滑鼠 有一個關於生物資訊的謠言,就是一定要在 Unix-like 作業系統上面分析,而且要用純文字的方式輸入指令操作電腦,像是電影裡的駭...

2019-09-17 ‧ 由 RNA-Sick 分享
DAY 3

RNA-Sick@Day3 > 小孩子才要做選擇,我全都要|入門生物資訊該學什麼語言呢 feat. Anaconda

勇者您好,請選擇初始職業與裝備 這篇繼續進行啟程前的準備,雖然我在引言中強調過不見得要寫程式,只要執行現成的程式碼或套件來完成剛好需要的分析,所使用的程式碼與套...

2019-09-18 ‧ 由 RNA-Sick 分享
DAY 4

RNA-Sick@Day4 > 我們凡事求一個圓|第一次執行 Python 腳本就來算圓周率吧 feat. Jupyter Notebook

在夏末的傍晚,突然想用電腦算個圓周率 說算就算,原理什麼的先不管~我們在上一篇中已經安裝好 Anaconda 了,好想趕快寫點 python 啊!在維基百科上...

2019-09-19 ‧ 由 RNA-Sick 分享
DAY 5

RNA-Sick@Day5 > 原來是純文字編輯器啊,我還以為是整合式開發環境呢|準備一個喜歡的打字所在 feat. Atom

英雄需要披風,搞資訊的人需要一個自己喜歡的純文字編輯環境 有一幕令我印象十分深刻,非常用功的專題生把該搜集的序列都搜集好,要上傳到線上分析平台的網站卻一直失敗,...

2019-09-20 ‧ 由 RNA-Sick 分享
DAY 6

RNA-Sick@Day6 > 我相信自由自在,我詳細希望|下載 NCBI 上的原始序列 feat. SRA Toolkit (上)

每次追動畫最不想看到的就是混時間的總集篇 但是該省的經費還是要省,讓我們來看看已經學過了什麼吧! (截圖來自動畫 Kill La Kill) RNA-Sick...

2019-09-21 ‧ 由 RNA-Sick 分享
DAY 7

RNA-Sick@Day7 > 我相信自由自在,我詳細希望|下載 NCBI 上的原始序列 feat. SRA Toolkit (下)

找尋香蕉抗病秘方之前情提要 為了讓農民更開心、健康地生產香蕉,挑戰者要找到相關的文獻,了解香蕉被有益微生物感染之後,會產生怎樣的基因調控。其中用以推估基因表現量...

2019-09-22 ‧ 由 RNA-Sick 分享
DAY 8

RNA-Sick@Day8 > Raw Data 是什麼,能吃嗎?| 一鍵了解序列品質 feat. FastQC

進入轉錄體流程篇 已經寫完了奠定基礎功的七篇,第八天開始就會是基礎分析流程之工具使用。想當初我剛開始進行碩論中 RNA-seq 這個試驗方法的時候,正巧看到一篇...

2019-09-23 ‧ 由 RNA-Sick 分享
DAY 9

RNA-Sick@Day9 > 斷開序列,斷開一切的牽連|把品質不佳的序列剔除掉 feat. Trimmomatic

自動修剪機,修鹼基 fastq 檔案中存放的資料包括序列及其對應的品質,雙端定序的結果分別存放在結尾標記 -1 和 -2 的檔案中。必須將定序品質不佳的鹼基剔除...

2019-09-24 ‧ 由 RNA-Sick 分享
DAY 10

RNA-Sick@Day10 > 我來組成頭部|把短片段序列組裝成轉錄體 feat. Trinity

神奇的轉錄體拼圖 透過 RNA-Seq 進行轉錄體分析,比起使用微陣列晶片 (microarray) 偵測起基因表現量/轉錄產物量 (transcript le...

2019-09-25 ‧ 由 RNA-Sick 分享