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2024 iThome 鐵人賽
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自我挑戰組

從零基礎到實戰:利用網頁爬蟲結合 RPKM 算法計算 COVID-19 感染者肺部基因表達量 系列

在生物資訊學中,基因表現量分析是理解基因功能和細胞行為的關鍵步驟。隨著基因數據的快速增長,如何高效處理和分析海量基因數據,已經成為現代生物學研究中的一大挑戰。此次挑戰將聚焦於運用 Python 實現基因代號轉換,並基於 RPKM(每千鹼基轉錄本每百萬比對讀取數,Reads Per Kilobase of transcript, per Million mapped reads)計算基因表現量,以提升基因數據分析的效率。

參賽天數 24 天 | 共 25 篇文章 | 0 人訂閱 訂閱系列文 RSS系列文
DAY 11

Day11:儲存解析結果並進行驗證

在成功爬取和解析基因的起始與結束位置之後,我需要將這些數據保存下來,並進行驗證,以確保數據完整且無誤,今天的目標是將解析出的基因位置信息儲存到一個 Excel...

2024-09-25 ‧ 由 KE-LIN 分享
DAY 12

Day12:優化爬蟲的性能與數據抓取效率

今天的任務是進一步優化爬蟲性能,特別是針對大規模數據抓取過程中的效率問題,因此我將對網路請求做一些改進,包括增加並發限制、處理網絡波動以及添加異常處理機制,從而...

2024-09-26 ‧ 由 KE-LIN 分享
DAY 13

Day13:添加爬蟲日誌記錄與進度追蹤

今天的目標是為爬蟲過程添加日誌記錄和進度追蹤功能。 這些功能能夠幫助我在抓取大量數據時了解整體進度,並在出現錯誤時快速定位問題,原因是因為當處理成千上萬個基因數...

2024-09-27 ‧ 由 KE-LIN 分享
DAY 14

Day14:處理爬蟲過程中的異常情況

爬蟲過程中,網路波動或伺服器超時等等的情況是不可避免的,今天我將著重於如何在爬蟲過程中應對這些異常情況,並保證爬蟲的穩定性;通過加入錯誤處理機制,我可以在面對各...

2024-09-28 ‧ 由 KE-LIN 分享
DAY 15

Day15:整合爬取的基因數據

今天的目標是將所有爬取到的基因數據整合到一個完整的 DataFrame 中,我已經成功爬取了每個基因的詳細頁面,並從中提取了基因的起始與結束位置;現在我需要將這...

2024-09-29 ‧ 由 KE-LIN 分享
DAY 16

Day16:儲存爬取的基因位置訊息

今天我將正式保存之前爬取和解析的基因位置訊息,並進行數據檢查,確保所有數據的完整性,這一步的目的是將整理後的基因位置訊息儲存到一個 Excel 文件中,並為後續...

2024-09-30 ‧ 由 KE-LIN 分享
DAY 17

Day17:處理缺失值與異常數據

在數據處理的過程中,清理數據是非常重要的一步,今天我將著重於處理數據中的缺失值與異常數據,這些數據可能是由於爬蟲過程中的解析錯誤導致的,因此需要再進行進一步的分...

2024-10-01 ‧ 由 KE-LIN 分享
DAY 18

Day18:優化爬蟲性能與數據處理流程

今天的目標是進一步優化爬蟲性能,並簡化數據處理流程,我將對網絡請求的並發進行控制,確保在處理大量數據時系統不會過載,同時我對數據處理過程進行簡化,減少不必要的操...

2024-10-02 ‧ 由 KE-LIN 分享
DAY 19

Day19:整理最終爬取的基因數據

今天我將集中精力整理之前爬取到的所有基因數據,並將他保存為最終結果文件,先前我已經成功抓取了每個基因的詳細頁面,並提取了基因的起始與結束位置,現在我需要將這些數...

2024-10-03 ‧ 由 KE-LIN 分享
DAY 20

Day20:基因長度數據檢查與清理

今天我將要檢查和清理基因的長度數據。 在進行 RPKM 計算之前,確保基因長度數據的準確性非常重要,RPKM 計算依賴於基因的長度來進行標準化,因此我們需要確保...

2024-10-04 ‧ 由 KE-LIN 分享