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2024 iThome 鐵人賽
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從零基礎到實戰:利用網頁爬蟲結合 RPKM 算法計算 COVID-19 感染者肺部基因表達量 系列

在生物資訊學中,基因表現量分析是理解基因功能和細胞行為的關鍵步驟。隨著基因數據的快速增長,如何高效處理和分析海量基因數據,已經成為現代生物學研究中的一大挑戰。此次挑戰將聚焦於運用 Python 實現基因代號轉換,並基於 RPKM(每千鹼基轉錄本每百萬比對讀取數,Reads Per Kilobase of transcript, per Million mapped reads)計算基因表現量,以提升基因數據分析的效率。

參賽天數 24 天 | 共 25 篇文章 | 0 人訂閱 訂閱系列文 RSS系列文
DAY 21

Day21:理解 RPKM 計算與數據準備

在基因表現量的分析中,RPKM(Reads Per Kilobase of transcript, per Million mapped reads)是用來標準...

2024-10-05 ‧ 由 KE-LIN 分享
DAY 22

Day22:實際計算樣本的總讀數

今天的工作重點是確認並計算樣本的總讀數,這是 RPKM 算法中非常重要的一部分,總讀數是每個樣本中所有基因的讀數總和,它用來標準化基因的表現量,從而使不同樣本之...

2024-10-06 ‧ 由 KE-LIN 分享
DAY 23

Day23:準確計算基因的 RPKM 值

今天我要把之前計算出的 RPKM 值保存到 Excel 文件中,並進行驗證,以確保數據的正確性和完整性。 首先我將 RPKM 的計算結果與原始的基因數據(例如基...

2024-10-07 ‧ 由 KE-LIN 分享
DAY 24

Day24:儲存最終數據並進行清理

今天我將集中於清理之前計算出的 RPKM 結果,並保存最終的基因表現數據,因為在進行生物學數據分析時,清理異常值是必不可少的步驟,這能夠幫助我確保結果的準確性。...

2024-10-08 ‧ 由 KE-LIN 分享
DAY 24

Day26:驗證最終數據的範圍與分布

今天我將對 RPKM 結果進行進一步的驗證,確保數據分布合理且沒有明顯的異常,這一步對於後續的生物學分析至關重要,因為數據的合理性會直接影響分析結果。 上一天我...

2024-10-10 ‧ 由 KE-LIN 分享