IIS只是一個web server，如果要當application server還是要自己寫程式或是把API掛到IIS裡面。至於要用哪一種軟體開發當應用程式server就是，使用單位去思考了。
websphere不同於IIS是他本身就是一個application server程式開發者可以運用application的API語法直接呼叫AP來用，可以大幅的減少開發的時間。
但是，幾年前的經驗是，在台灣IBM對WebSphere的支援能力不夠，很多開發上的問題要轉到美國去問，一來一往花的時間比自行開發還久。
所以想用websphere要多考慮。

基本上的差別在於兩者使用的語言架構不同
IBM WebSphere Application Server => Java
MICROSOFT IIS => ASP/.Net

除此之外, WebSphere提供J2EE平台及IBM附加之管理功能, 屬於AP Server層級. 相對比較的產品有BEA Weblogic, Open Source的 Tomcat ...等.

IIS 只能算是Web Server而已, 相對比較的產品為Apache, 兩者都是免費的.

剛看到這個問題我還愣了一下。
很少人會把IIS跟WebSphere直接拿來比較，可是真正的原因是甚麼？因為價錢嗎？還是因為一個是AP Server，另外一個不是？
所謂的AP Server，跟他使用的語言與技術應該是無關，而是他提供了一些附加的功能服務。所謂的附加就是除了單純的HTTP協定外，額外提供了其他的服務，例如常見的資料庫或是Message Queue。但是要附加多少才算？
因為我們通常不會把Tomcat當成AP Server，JBoss才是，兩者的差別在哪裡？我覺得除非是要做研究，不然研究這些業者發明的名詞實在沒甚麼意義。重要的是你要甚麼功能，哪些軟體可以提供。至於叫AP Server還是Web Server，真的那麼重要嗎？

我也同意cyilwang的說法，基本上application server這個名詞也只是廠商為了要行銷他們的產品所發明出來的名詞，用意在凸顯他們的產品的附加價值，但本質上還是與web server並沒有什麼兩樣。