windows server 2003本身的DFS功能 就有你說的同步兩地的檔案。
前提是你要先將兩地的Server建立在AD目錄服務架構之下，在利用DFS的複寫功能複寫SEREVR間的檔案
你可以參考微軟的分散式檔案系統(DFS)會有更多的說明。
http://www.microsoft.com/taiwan/technet/prodtechnol/windows2000serv/howto/dfsguide.aspx

如果你是指XP的環境 我建議你使用一套免費的SyncBACK軟體。
他本身就可以利用作業系統內建的排程功能在本機與網路芳鄰上面進行同步抄寫的工作
其實我在server上面也是這樣作啦，因為他會先比對兩地檔案的差異只有抄寫不同的部份
這樣會大量減少時間的損耗
http://www.2brightsparks.com/syncback/sbse.html

如果2地已有架設VPN , 則 COPY 檔案就像區網一樣,用XP 排程+批次檔(或內建制作備份)即可,但仍需考慮2地的輸出頻寬.

這邊就有累似的回答，已經有人提出解決方案，請參考：

[url]http://ithelp.ithome.com.tw/question/10001542]/url]

1. 頻寬夠的話用VPN加上robocopy，robocopy在檔案複製前會先比對，有異動的才會複製或同步，一來節省時間，二來省頻寬。
2. 頻寬小於5M，可以用Cuteftp Pro，他有支援排程。不過要架一個ftp server。

上面兩種都可以用XP。

如果有多點的檔案傳輸保證一定要送到或需要加密的問題，參考同一家(GlobalSCAPE)的EFT SERVER，不過不便宜就是了。

您要的應該是Sync軟體
Syncback
這套很好用, 可以做到的比您所需要的更多
而且是免費的
http://www.2brightsparks.com/downloads.html#freeware

SyncbackSE是要錢的, 免費版就很好用了, 還有中文