樓上的回答都沒找到問題而只是建議重灌，原理是好的，但有時有些因素是不想或不能重灌的！
造成問題原因是 ：舊系統的 xp 是 HD0（SYSTEM PARTITION），而 SERVER 2003是 HD1（BOOT PARTITION），兩個系統的開機檔案都放在 HD0 上而且是共用的，您將HD1裝到新機器上去，因為 HD 內沒有開機檔，當然開不了機，將原先的 HD0 裝回去就可以也只表示您運氣不錯(2台電腦的硬體有相容或一樣）罷了，試試以下方法：
在原來的機器上建立一片開機磁片（或USB碟，但PC要能從USB開機）..
1）最好在2003系統上格式化一片磁片
2）將 C：＼下的 NTLDR，bootfont.bin，boot.ini，ntdetect.com，等檔案 copy 至磁片上
3）將磁片上的 boot.ini 修改：（以單一2003為例）：將兩列的「multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINDOWS」中的『partition（2）改為partition（1）』，存檔離開
4）在新電腦上用磁片開機即可進入 2003 了（原 HD0 不必再裝喔）

GOOD LUCK！

我的習慣是---如果換電腦就直接把硬碟作重新切割與重灌系統
你要這樣也是可以啦,只是要確定新舊電腦的硬體配備是否都一樣
如果不一樣的話,最好重灌系統,這樣是比較保險

既然換了電腦了，建議重灌吧
至少系統會比較穩定

您的意思是說當舊電腦的兩顆硬碟都接在新電腦上的時候2003就可以開機了嗎？
如果是這樣的話，表示你的2oo3的開機系統設定在XP那顆硬碟上，所以沒有那顆硬碟就會無法開機。

如果是古時候的IDE硬碟check一下master slave的設定
bios的開機順序也可以看一下

因為SERVER的作業系統要求比較高
通常換了一台電腦後，可能就無法再開機了

所以…
還是請重灌吧

不想重灌 就用BESR 異機還原

如果你的舊硬碟是用 NTFS 檔案系統當作啟動碟，
那麼就無法用拆硬碟的方式轉移到新環境下用，因為(微軟防止你拷貝有鎖 SID安全標識符)
如果硬體環境差太多，檢查機制就過不了關，因此直接移動硬碟是無法使用的。
但是如果是 FAT32 的檔案系統就可以。

最好的方式就是在舊電腦執行系統的 Sysprep 這個程式去除 SID 然後再拆下硬碟換到新電腦上，開機後你會看到電腦一直找發現硬體，完成後就可以了。