PKI 與 OTP 都是強化認證 (Strong Authentication) 或雙因素認證(2-Factor Authentication) 的一種應用。因為單純依賴帳號與密碼非常的薄弱，容易被側錄或竊取。

下面是身分認證的三種型態:

• What you know (你所知道的資訊，例如帳號、密碼...)
• What you have (你所擁有的物件，例如金鑰、憑證...)
• What you are (你本身擁有的屬性，例如指紋、掌形、靜脈、五官特徵...)

在資訊安全中，較安全的身分認證方法一般會要求在上面三種型態中，選擇兩樣的組合來進行驗證，則稱為雙因素認證(2-Factor Authentication)。
而 PKI 或 OTP 的方法，可以說是「What you have」的代表。PKI 又有分軟體檔案式的 PKI Token 或硬體式的 PKI Token。後者硬體式的 Token 相對上是比較安全的。
硬體式的 PKI，如 金融IC卡、自然人憑證(儲存於IC卡中)、USB Token 等都是常見的應用。我們嘗試從下面四個面相來比較 PKI 與 OTP 的優缺點。

安全性 –
OTP tokens 相對 PKI 而言比較不安全。因為 OTP 的本質仍然是以密碼為基礎。相對於 USB 或 SmartCard，本質上完全是「Something you have」，有唯一性，如果憑證被偷的話，是很明確的。

使用方便性 –
OTP tokens 由於需要讀取上面顯示的一次性密碼然後以鍵盤輸入，所以仍然有點麻煩。USB Token 插上即可，是最簡單的。而 SmartCard、IC卡則需要額外的讀卡機，對有些使用者而言不是很熟悉的操作方式。

可攜性 –
OTP 型式的 Token 由於不需要與電腦界接，可以獨立運作，所以可攜性最廣泛。不只用電腦連線時可以使用，使用電話存取網銀也可以用、甚至連 ATM 也可以用。
USB token 體積小攜帶方便，幾乎現代看得到的電腦都支援，但仍然需要界接，有些情況還需要裝驅動程式才能讀取。
Smartcards 需要額外的讀卡機與驅動程式，相對而言比較不便。

應用彈性-
OTP tokens 只能用於認證用途，無法攜帶任何的憑證於其上，所以不容易做到數位簽章、加密與不可否認性等數位憑證的應用。因此 USB Token 以及 SmartCards 可以提供更多的功能選擇。