是把等級比較高的有網管型的L2 SWITCH拿來當重要的設備，然後把所有的伺服器跟無網管型
的交換器都接到這一台L2的SWITCH嗎?
是的

另外就資料讀取或資料交換頻繁的電腦, 盡量放在相同SWITCH上

這個問題一般我的做法如下：
一、以有網管的L2 SWITCH當主要的HUB，把所server都接在這上面
有網管功能，可透過它來得知一些全公司網路上的一些資訊
一般這種HUB可提供的網路傳輸量比較大，拿來當主要的HUB比較適當

二、若是有台一般的SWITCH可提供網路傳輸量比這台網管型的還大的話
那或許也可以用這台做主要的HUB
但是這樣就不能夠得到全公司的一些網管資訊了

這樣做事實上並不能做到所謂的增加網路效能
但是可以把原有設備的效能給揮發出來
至於該怎麼做，我想這位大大應該心裡也是有個底吧...
提供給你做參考..

以目前的設備來說，就是用您的方式將效能比較好的當主要的 SWITCH，
然後將其他SWITCH 透過UP-LINK 的方式連接起來。
另外就如同樓上的建議，將經常交換資料的電腦 接在同一個SWITCH上面，
可以避免塞滿 UP-LINK 的那個PORT頻寬。

如果願意花錢買設備，一個可以切VLAN的設備，是比較好的建議啦..
以您100台PC的環境，如果不是都大量存取，100M網路是夠用的..
真的有需要大量資料交換的狀態，就新增一個 1000M 的 SWITCH 給他吧。

如果擔心 切VLAN 會有管理任務加諸在你身上的狀況，那就直接買一台 1000M SWITCH，
用這台當 CORE SWITCH 來收攏其他的 SWITCH吧。
這樣應該是比較簡單＆花費少的方案。（一台24port 1G SWITCH 還真的不貴呢）

大致上 L2 Switch 都會拿來當主要的，不過光看您這樣子的描述還是不夠清楚
如果是上網的部分，建議更換等級或是規格比較好的防火牆
會增加各封包傳遞的速度
如果是內部資料的話，各 Switch 之間可能要擴充到 GB 等級
至於流量的瓶頸，可能得透過監控軟體來查會比較清楚來源