類似這樣?

<pre class="c" name="code">
select A.*,B.金額 , A.金額 -B.金額 as 差額
from Table_A A
inner join Table_B B on A.統編 = B.統編 and A.發票號碼 = B.發票號碼
where A.金額 -B.金額 <>0

簡單的想法，不一定對：

<pre class="c" name="code">
SELECT A.單別, A.單號, B.統編 
FROM A 
LEFT JOIN B 
ON B.統編=A.統編 AND B.發票=A.發票 AND B.金額=A.金額;

統編欄位是NULL的話，就是不一致。

個人覺得還有一個條件要考慮:
究竟發票資料是幾時寫入 A 資料表? 幾時寫入 B 資料表? 才能確保整個大範圍是合理的.

假如 A 資料表是訂單, 發票資料是批次寫入, 而 B 資料表是發票檔, 開票就立刻寫入, 兩者會有一些落差; 要避免發生這種情況.

再來才是確定: 哪一個檔案是主要關鍵? 也就是發票通常是牽涉到請款, 而訂單是輔助.
並且要設定問題點: 發票跳開可能被視為逃漏稅, 所以不能有發票跳開情況, 那就只能有"1. 未開發票 2. 已開發票並相符", 才用這種條件去思考 SQL 寫法.

try..

<pre class="c" name="code">
select * from [A資料表] as a
where not exists(
	select * from [B資料表] as b 
	where a.統編 = b.統編 
	and a.發票號碼 = b.發票號碼
	and a.金額 = b.金額
)

這是你要的?

select A.單別,A.單號 from A,B where A.發票號碼=B.發票號碼 and (A.統編!=B.統編 or A.金額!=B.金額)

感覺至少得都有發票號碼才得去進行判斷..而亦是裡面唯一獨立的
統編和金額都有可能重覆....至於發票號碼重覆..好吧我沒思考過...