其實這問題我也思考過,
不過我覺得這種事還是要找律師,
畢竟法律的條文就算放在前面我也看不懂...

1.乙方（我）交付專案於甲方（公司）後，甲方即取得乙方所製作該專案之著作財產權。
2.本專案之軟體和程式碼，其原始碼均由乙方依法擁有其智慧財產權，可移做修改為非本專案相關之使用。

這兩個根本矛盾吧

或者說很模糊

或許有其他的考量

建議有不清楚合約之處

直接跟甲方談

談完後再補充到合約

也避免日後有爭議

1.這樣的話，請問程式碼著作財產權（可編輯，重製的權力）是誰擁有？

根據著作權法 第三章 第 10 條

第 10 條
著作人於著作完成時享有著作權。但本法另有規定者，從其規定。

所以沒特別規定

原則上著作權在於作者(你)

如有特別規定

就照合約走

不過有無附 source code

通常價差會達數倍之差

建議要跟甲方討論清楚

2.承上，如果回答是c，那日後如果某方授權給A公司，這樣另一方能否對A提出侵權

如果最後合約是規定

甲方擁有一份程式碼，乙方擁有一份程式碼，各自可以修改彼此的那份

那到時提侵權

這條或許會幫某方背書

3.能否清楚的表達，甲方僅依法擁有目的碼（專案）的著作....

這要根據你最後的合約來看

如果最後定說 source code 不歸甲方所有

甲方只有使用權

那甲方這麼做或許會違約

其他就同樣的邏輯

反正有任何不清楚的或者有疑慮的

跟甲方討論完後

寫到合約裡就對了

合約越詳細越好

法律基本上就是訂個大概而已

現實中也會依判例或實際情況而有所不同

且最重要的

絕大多數的情況

合約不能凌駕法律

就算簽字

但有明顯違法的通常會自動失效

不過當然

還是會依判例或實際情況而有所不同

以上個人見解

1.這樣的話，請問程式碼著作財產權（可編輯，重製的權力）是誰擁有？
這樣子問比較難解釋。其實有其著作權就一定有其編輯及重製能力。其也包含了發布及販賣的權利。
也就是說甲方一定有其最大的權利。
但乙方就不可以修改後販賣給其它人嗎?
其實並不一定，乙方有其智產權的權利。只要在其內容不侵犯到有其著作權的人員或公司。
但說到這，何謂不侵犯有著作權的人或公司。這就是見仁見智的問題。
一般來說，在法律上會用「商業利益」之侵犯原則來定義是否侵犯為主要依據。

2.承上，如果回答是c，那日後如果某方授權給A公司，這樣另一方能否對A提出侵權？
正常可，但開發的人員會有事。a公司會比較沒事。
除非著作權方能提出a公司在已知的情況下還做。這樣就會有事。

3.能否清楚的表達，甲方僅依法擁有目的碼（專案）的著作財產權，乙方擁有程式碼的著作財產權，
可以的。需要明定甲方不得任意修改核心程式碼。並不得依著作財產權而定。
改換成使用合作及買賣權利，但無著作權的權利。
不過我想沒有人會想要這的合約就是了。一般給與著作權，本身就一定是給與了買賣及修改變動的權益了。就如你的智財權一樣，不得用任何的合約規範來影響你的修改權的意思一樣。
所以一但同意給與其著作權。其實就不要再去想說不能修改的情事了。
只能不給與其著作權，用合約明定的權益來下手。
當然了，這樣的合約，大多數人一定都不會接受的。但你可以試試看就是了。
因為在某個情況下，這樣的合約等於是在挖洞。沒人會同意你這樣做的。

1.乙方（我）交付專案於甲方（公司）後，甲方即取得乙方所製作該專案之著作財產權。
2.本專案之軟體和程式碼，其原始碼均由乙方依法擁有其智慧財產權，可移做修改為非本專案相關之使用。

這契約規定的很清楚，甲方即取得乙方所製作該專案之著作財產權，所以著作財産權歸甲方，包含原始碼及改作的權利。
第二點保留乙方繼續使用原始碼的權利，但是要與專案無關，乙方有沒有侵權要看專案的範圍。

結論是甲方取得全部財産權怎麼弄都可以、乙方日後雖然可以使用原始碼但是要注意不能侵權。

我的做法比較直接，合約中會直接表明，程式碼可以完全給予對方，給對方自行維護，你還省了些麻煩的事，還不用去擔心改版的一些問題，若對方需要修改，價碼就會比較高，可能是原價的3成到一半左右，因為誰知道你們搞了什麼東西在裡面，不給對方維護費用就算比較便宜，看要按次計價還是收年費的...

很多公司很喜歡用些很咬文爵字的契約，讓人很難去了解...

1.乙方（我）交付專案於甲方（公司）後，甲方即取得乙方所製作該專案之著作財產權。
2.本專案之軟體和程式碼，其原始碼均由乙方依法擁有其智慧財產權，可移做修改為非本專案相關之使用。

著作財產權是屬於智慧財產權中的一部分，著作權分成著作人格權跟著作財產權

• 著作人格權保護擁有者(1)公開發表權、(2)姓名表示權，及(3)同一性保持權，或稱禁止不當變更權。
• 著作財產權，使擁有者可以享有著作的經濟價值，包括重製權、改作權、編輯權、出租權、散布權、公開播送權、公開傳輸權、公開口述權、公開上映權、公開演出權、公開展示權。其存續期間是存在於著作人的生存期間及其死亡後50年。

我個人的解讀是這樣:
1.甲方可以對此「專案」進行重製、編輯、改作......等等，但不得聲稱其擁有「原始碼」之重製、編輯、改作......等等的權利，也就是該專案的創意規甲方，他要對這創意進行延伸應該是可以的
2.乙方可以對此專案的程式碼進行重覆利用，但不能完整照copy一個仿照甲方專案的產品進行商業行為(不然誰敢跟你合作阿)

如果文中這一段是契約內容
"
1.乙方（我）交付專案於甲方（公司）後，甲方即取得乙方所製作該專案之著作財產權。
2.本專案之軟體和程式碼，其原始碼均由乙方依法擁有其智慧財產權，可移做修改為非本專案相關之使用。
"
那真的有得吵，因為契約中這兩條解釋起來有重疊，
根據第一條契約內容，甲方可以說有程式碼的權限也可以說沒有。
而根據第二條很明確說乙方有軟體和程式碼的著作財產權，是以可以根據第二條的寫法，來說明第一條是不包含程式碼的，但是這樣解釋需要上法院去主張，去讓法官判斷。
因此很明顯你問不到答案。因為契約沒訂好，導致是契約文意的問題，非法條的問題。

法律我不懂
我從另一個角度提供建議

既然案子已經結案收到尾款
就乾脆一點，把原始碼提供給甲方，大家好聚好散
然後把時間拿去接下一個外包案，記得合約要看仔細

把時間花在最有用的地方
萬不得已才訴諸法律途徑

你寫了一本書，例如琅琊榜。把版權賣給出版社，眼見大賣又出電視劇，出版社賺大錢，你卻只有當初一點點的版權費。眼紅之下，主張有權修改原稿另行出新琅琊榜。
最後鬧上法院，法官怎麼判？
當然是原來的出版社有版權，你無權修改另出版本。

雖然有人格權，但是，版權有延伸特性，也就是由原版引伸出來的新版本，原始版本的版權擁有者有權主張權利。這個是有案例的，MySQL被甲骨文買下，原開發者另外弄MariaDB，甲骨文也只能乾瞪眼。開源也是有版權的，所以，不要以為免費就拿來濫用，最後被追溯版權就不如歸去了。

寫套裝軟體的公司，多半不接專案。專門客製接案的公司，如果想把客製的專案系統產品化也會先在合約中註明版權，也就是甲方有使用權，沒有擁有權。
亦即，一切看合約，合約中有約定，照合約走，合約中沒約定，照著作權法走，最後法官自由心證。
我猜發問人應該是遇到糾紛了，所以來取暖。

如果是這情形，就要注意發問內容是否客觀。基本上說，一切看合約，民法基本精神在合約。
沒合約才照民法及著作權法的條文來看。
可是在這些條文中, 明顯是出資人佔上風的。

日前接了一個外包案，要求開發一個APP還有網頁後台，契約（專案已結案）中規定：
1.乙方（我）交付專案於甲方（公司）後，甲方即取得乙方所製作該專案之著作財產權。

-->東西都是 甲方的 （乙方不能來吵甲方，甲方你不能改，著作財產權是我的）

2.本專案之軟體和程式碼，其原始碼均由乙方依法擁有其智慧財產權，可移做修改為非本專案相關之使用。

-->東西是乙方寫的，乙方可以將為此專案編寫的程式移作他用。

很多寫程式，都以為自己是發明家，很看重自己的程式碼

殊不知，其實只是個碼農，你能做的，別人也能做，談不上多大的價值

一直針對程式碼是很不智的。我一定將SOURCE CODE 通通給，案子結了就結了

※重點：錢要拿到。之後的維護、修改就是另一回事了。

今天A說他有權修改，B說只有他能改，某天 A真的改了，B你會知道？知道又能如何？打官司保證能贏？