使用中文print，確實會造成排版錯亂，直接顯示dataframe變數，Jupyter 會轉成 html table顯示，故排列會整齊，也可以使用下列指令：

from IPython.display import display
display(df1)

因為我看你的code個人覺得沒什麼問題，
理論上來說應該會是排版整齊的東西。
我會嘗識的作法有兩項

1. 檢查py裡所儲存的東西：我這邊沒看到你py裡存的東西長什麼樣子，或許裡面亂七八糟一堆空格但不知道
   我這邊亂打了一些東西，這確實會造成排版便神奇的現象

import pandas as pd
data1 = pd.DataFrame({"longlongKey":["A1","A2","A3","A4"],
                      "  sK ":["BBBBBB1         ","BBBBBB2","BBBBBB3","BBBBBB4"],
                      "  midKey  ":["CC1","CC2","CC3","CC4"]})
data2 = pd.DataFrame({"longlongKey":["A1","A2","A3","A4"],
                      "  LKK   ":["LLLL1","L2","LLLLLLLLLLLLL3","LLLLL4"],
                      "    NMS":["NMNMNMNMN1","1","             2       ","3"]})
r = pd.merge(data1,data2,how="outer")
print(r)

2. 或許是編譯器排版跑掉，嘗試用其他編譯器試試看。我個人沒用過jupyter，所以我會想會不會是jupyter的問題

以上僅供參考，我個人沒遇過這樣的狀況，也很好奇到底是什麼原因，若有找到答案可以煩請告知我一聲感謝~

如果直接輸出呢，不用print的話