linux中使用awk,sed,grep修改檔案

awk linux shell script sed

tsungmin 2023-07-31 06:28:03 ‧ 619 瀏覽

大家好
我需要修改一個vcf檔案的內容
檔案中的格式如下圖

以這張圖中當例子，有綠框和籃框圈起來的兩個欄位
我手上有一批編號，需要找到綠框欄位有這些編號的那幾列，然後再修改籃框欄位為"0/1"

由於整個vcf檔很大，可能數十萬行，所以無法肉眼手動修改
因為有點趕，來不及慢慢學好awk、sed，有人可以提示我怎麼處理比較正確嗎?

謝謝

bruce77620 iT邦新手 4 級 ‧ 2023-07-31 10:18:54 檢舉

建議你複製兩行資料到空的檔案上，之後寫個SH 慢慢抓欄位，這是最佳解，抓到欄位後修改

tsungmin iT邦新手 4 級 ‧ 2023-07-31 13:37:08 檢舉

好的,感謝回覆

camelchen1963 iT邦新手 5 級 ‧ 2023-08-02 11:48:22 檢舉

你講的 sed , awk 真的要很懂得人才會, 是否可以直接用 vi(vim), 然後用 last line command mode 去做修改? 如
:1,$s/chr1/abcd <- 改成想要的
可是你的 pos 跟第三項並沒有規則性, 這就不知怎麼改了...

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海綿寶寶

iT邦大神 1 級 ‧ 2023-07-31 09:57:13

Google到這篇可以拿去改改看
在沒有完整解答之前
算是蠻接近的

tsungmin iT邦新手 4 級 ‧ 2023-07-31 13:37:34 檢舉

感謝,我來學習一下

補覺鳴詩

iT邦高手 1 級 ‧ 2023-07-31 19:36:19

不保證對

cat <filename> | grep chr1 | sed s'/[0-1]\/[0-1]/0\/1/'g >> new_file

cat new_file | grep chr1 | sed s'/[0-1]|[0-1]/0\/1/'g >> new_file_1

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