大家好
我需要修改一個vcf檔案的內容
檔案中的格式如下圖
以這張圖中當例子,有綠框和籃框圈起來的兩個欄位
我手上有一批編號,需要找到綠框欄位有這些編號的那幾列,然後再修改籃框欄位為"0/1"
由於整個vcf檔很大,可能數十萬行,所以無法肉眼手動修改
因為有點趕,來不及慢慢學好awk、sed,有人可以提示我怎麼處理比較正確嗎?
謝謝
不保證對
cat <filename> | grep chr1 | sed s'/[0-1]\/[0-1]/0\/1/'g >> new_file
cat new_file | grep chr1 | sed s'/[0-1]|[0-1]/0\/1/'g >> new_file_1