1.機台跟辦公的資料會放在同一台嗎?
放在一台具高可用性的設備上比分成兩台不具高可用性的設備來得推薦(假設兩者成本相當)

2.移轉資料夾會建議[機台]或[辦公]那個優先移?
全部都在同步完成後才開放使用，誰先誰後差異不大(主要考量資料變動率所影響最後一次同步時間)

3.若[辦公]資料夾較複雜,會建議依各部門移轉,或是依資料夾去移轉,己減少影響的部門?
為何依資料夾去移轉可以減少影響的部門? 你這聽起來是要邊用邊轉，不推。

4.新的路徑會使用GPO掛載到使用者的電腦上嗎?或是使用捷徑的方式?
看原先使用的方案需不需要調整修正，因地制宜。

不知道您的型號
我用的是群輝的,新舊都是
他有一個功能叫做資料轉移(備份)
利用禮拜六到公司(沒人使用)
開啟轉移後就可以離開(也可以周五下班用)
這樣周一就可以用了

另一個方法
周一開下去轉移(每日備份)
週三應該就會同步好了
利用早上瞬間更換IP還有NAS名稱
就可以無痛轉移了

因為我們的NAS是線上作業NAS
所以資料完整性很重要
以上給您參考

如果你是用Windows Server，我的作法是
1.將共用資料夾都轉成DFS
2.將資料夾目標指到舊的Server
3.建立複寫，把舊Server的資料夾複寫到新的Server
4.等複寫都完成了，將資料夾目標指到新的Server，然後刪除舊資料夾目標，使用者會直接存取新Server
5.持續一段時間，如果都沒有問題，把複寫移除
過程中User根本不知道Server變了
至於使用者存取是要用路徑還是捷徑，看自己的習慣，我是習慣將用磁碟機代號