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2019 iT 邦幫忙鐵人賽
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自我挑戰組

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路 系列

鐵人鍊成 | 共 32 篇文章 | 16 人訂閱 訂閱系列文
DAY 1

[Day 1] 關於本次自我挑戰的內容

挑戰本次鐵人賽的動機 說到為什麼會想要挑戰本屆的IT邦幫忙鐵人賽,其中兩個最主要的原因在於―—第一,想要透過本次活動戒除自己在學習新事物時前一階段的半途而廢症;...

2018-10-02 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 1

[Day 2] 建立一個撰寫、執行Julia code的環境

選擇一個適合的Julia版本下載 要下載Julia來安裝實在不是一件難事,難的是在裝完之後要用來幹什麼(喂) 我們可以直接在Julia的官網找到最新及次新的穩定...

2018-10-02 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 2

[Day 3] 牛刀小試

碎碎念一下 是說,由於第一天想起 #鐵人賽 開賽這件事已經是晚上11點40幾分的事情了,待我打完第一天的文章時剛好已過12點,結果就變成10/2的發文了 QQ...

2018-10-03 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 3

[Day 4] 使用Julia讀取表格資料

為什麼要先看這個? 昨天我以最近正在處理的其中一種資料作為這次鐵人賽挑戰的第一個範例,其中主要得先靠著parse某一個資料表格後,抽取出我需要的資料,再使用Bi...

2018-10-04 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 4

[Day 5] 在Julia底下用pipeline串連一堆指令

關於生物資訊分析 前幾天雜七雜八地寫了很多東西,最主要的點就在於—生物資訊的分析本身通常都是由一堆別人開發好的工具加上我們自己寫的資料處理scripts所組成(...

2018-10-05 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 5

[Day 6] 在Julia底下使用BioServices.jl抓取NCBI上的資料

NCBI上的資料 NCBI(National Center of Biotechnology Information的縮寫)— 在搞生物研究的圈子裡,乃是無人不...

2018-10-06 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 6

[Day 7] 繼續昨天的話題談Microbiome

前情提要 昨天我後半段提到了要怎麼使用BioJulia中的BioSerices.jl來抓取NCBI上我所需要的資訊,當中使用的案例是用我這陣子在搞的資料方向來說...

2018-10-07 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 7

[Day 8] 從Fastq出發到abundance table (一)

目的 這兩天我打算紀錄順便回顧一下前兩天介紹的東西如何實際地應用在一筆真實的Data上,因此得先簡單說明一下這整個生物資訊分析的步驟: 首先,我們搞生物資訊的...

2018-10-08 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 8

[Day 9] 從Fastq出發到abundance table (二)

話不多說,今天忙到現在才有空寫,就直接接續昨天的話題,不過今天我就直接貼上這些步驟所需的commands了。 Pre-processing 由於我目前最常碰到的...

2018-10-09 ‧ 由 nostalgie1211 分享
DAY 9

[Day 10] 使用Julia在目標物種當中搜尋一段DNA序列

為什麼我們需要在某個物種當中搜尋一段DNA序列呢? 前幾天我拿了些例子說明了怎麼使用一些簡單的步驟,來檢視我們拿到的這個樣品裡頭有哪些細菌種類,這算是這個問題的...

2018-10-10 ‧ 由 nostalgie1211 分享