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第 11 屆 iThome 鐵人賽
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自我挑戰組

猶豫就會敗北,果斷就會白給|園藝 boy 的生物資訊冒險記趣,跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列

給生物出身同學的生物資訊入門小指南,搭配各種數位工作術小技巧,讓我們的學術之路更順遂~

鐵人鍊成 | 共 30 篇文章 | 12 人訂閱 訂閱系列文 RSS系列文
DAY 21

RNA-Sick@Day21 > 是擅長畫 Pathway 的朋友啊|用程式來查京都基因與基因體百科全書 feat. KEGG REST API

KEGG 簡介 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 緣起於 1995 年,由京都大學化學研究所教授金久實提出,最大的...

DAY 22

RNA-Sick@Day22 > 誰能阻止少年專題生呢?他們聽不到|用程式上 NCBI 資料庫 feat. NCBI Entrez

請證明你不是機器人 繪製親緣關係樹的前置工作中,搜集所有適合一起比對的基因之序列是十分累人的工作。我不寫程式以前,會找一首喜歡的專輯,放著聽,然後開始開啟大量瀏...

DAY 23

RNA-Sick@Day23 > 基因調控什麼的最喜歡了|啟動子區段序列之順式作用元件分析 feat. PLACE database

基因調控 基因表現是基因體上的 DNA 序列被聚合酶作用合成 RNA 的轉錄過程,整個轉錄過程中有許多不同的蛋白質共同參與,每個蛋白質複合體形成的環節都會影響轉...

DAY 24

RNA-Sick@Day24 > 關於資料視覺化,我想說的是|用 python 繪製充滿特色的圖表 feat. seaborn

用 seaborn 繪製特色圖表 比起 R 語言,python 的使用場合更多樣化,因此時常要自行引入相關功能的函式庫。在資料視覺化上最常聽到的 python...

DAY 25

RNA-Sick@Day25 > 我念 HMMER,但是我朋友都念 HMMER,聽說正解是HMMER|基於隱藏式馬可夫鍊的超強序列比對軟體 feat. HMMER3

用 HMMER 掃描序列 演化的基本假設之一就是不同的物種或不同的基因家族成員可能具有共同的祖先,也就是同源(homology) 的概念。我們將序列相似度高的基...

DAY 26

RNA-Sick@Day26 > 不被名稱耽誤的套裝軟體|直接由序列內容預測功能區段 feat. MEME suite

綜合分析篇之總集編 來回顧一下短短的綜合分析篇學了什麼吧~ RNA-Sick@Day16 > 基因代號進得去,生物意義出得來,GO 發大財|基因本體論富集...

DAY 27

RNA-Sick@Day27 > 嘴巴說可以,身體卻一點也不老實啊|程式碼筆記本保證研究可再現性 feat. NextJournal

每次遇到宣稱很棒很優秀實際上傲嬌不給用的軟體實在是很困擾啊 生物資訊研究中,研究者時常需要自己編寫客製化的程式碼腳本。不論是視覺化或是統計分析的功能,通常都是引...

DAY 28

RNA-Sick@Day28 > 今天的風兒 ...有點喧囂啊...|架個個人網站來輔助你的學術海報呈現 feat. hexo on Github

其實昨天就已經悄悄進入學術生活篇 說來慚愧,雖然總喜歡講些學術學術的東西,其實我都已經碩士畢業了還沒有期刊發表。但有些事情就是機運與緣分,強求不得呵呵~至少在...

DAY 29

RNA-Sick@Day29 > 我曾經都用 WORD,直到我膝蓋上中了一箭|用 GTD 工作術加速論文撰寫 feat. Notion

寫文章真的好難啊 做實驗很難,整理數據也難,最後要把不見得符合預期的結果寫成一個完整的故事又更難。聰明的腦袋大家都有,要克服這些心理障礙,我們需要的是幫助自己達...

DAY 30

RNA-Sick@Day30 > 生活就在呼吸之間|不用寫程式做一個聊天機器人來檢索自己的三十天鐵人文章 (RNA-Sick 生物資訊小指南) feat. Chatfuel

在猶豫與果斷之間 一轉眼就到第三十天啦!本人實在是擠不出更多正經的生物資訊乾貨,所以安插的「學術之路」篇,總集編回顧時刻到啦~ RNA-Sick@Day27 &...