iT邦幫忙

鐵人檔案

2023 iThome 鐵人賽
回列表
AI & Data

生資的路且重且遠,我要被鴨垮了Q 系列

實驗室一直沒有一個好的課程/學習的管道,當遇到困難的時候不知道要找誰,生資的路,真的有很多可以說的。
想當年,剛進來實驗室,複雜的分析、國網使用、一堆biobank,我真的是滿頭問號...(更別說自己程式不是很厲害ORZ
這次為了我自己的紀錄,與學弟妹們的參考資料,我來寫文了xD

正式版介紹:
在現代生物領域中,生物資訊已經變得不可或缺。它不僅是一門學科,更是一種強大的工具,用於解決複雜的生物學問題,然而對於新手來說,學習生物資訊可能會讓人感到困惑和無所適從。
在這個挑戰賽中,無論你是生物學專業的學生,還是對生物資訊有興趣的人,歡迎你來這系列文下面討論留言與我交流。

鐵人鍊成 | 共 30 篇文章 | 5 人訂閱 訂閱系列文 RSS系列文
DAY 11

Day11. 實證醫學與 Level of evidence

有沒有人想過,paper 是不是都可以相信? 只要是上面寫的都對? 那我要相信多少? 實證醫學 實證醫學(EBM, evidence-based-medicin...

2023-09-26 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 12

Day12. 國網(國家高速網路與計算中心)介紹

國網是**國家高速網路與計算中心** 為什麼要額外介紹呢? 是因為基因體的資料龐大,所耗運算資源也多,所以很多時候需要國網的幫助才能有效率的分析。 至於你是用來...

2023-09-27 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 13

Day13. GIAB -- gene ID

Genome in a Bottle (GIAB) Consortium是一個由NIST(National Institute of Standards and...

2023-09-28 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 14

Day14. Biobanks & Data Sharing--1

Biobank 簡介羅列一些我們這個領域常見會聽到的NCBI、UCSC、Ensembl、UK biobank、gnomAD、COSMIC、Varsome dbS...

2023-09-29 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 15

Day15. Biobanks & Data Sharing--2

Biobank Varsome: Varsome是一個基因組變異分析平台,用於解釋基因組中的變異。 它整合了多個數據源,包括Ensembl、gnomAD和...

2023-09-30 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 16

Day16. NCBI SRA tool

SRA(Sequence ReadArchive)資料庫: 是NCBI(National Center for Biotechnology Informatio...

2023-10-01 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 17

Day17. 編輯距離

首先這些算法的主要目標是找到兩條DNA、RNA或蛋白質序列之間的相似性,以便進一步分析它們的功能、演化關係或可能的突變。在這篇文章中,我們將綜論一些常見的序列比...

2023-10-02 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 18

Day18. 綜論生物演算法中的序列比對算法

生物信息學中的序列比對算法可分為以下三類:局部比對算法、全局比對算法和多序列比對算法。以下是這些類型的常見算法以及它們之間的差異,還包括了BWA和BLAST等常...

2023-10-03 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 19

Day19. Sequence Alignment (BLAST)

BLAST是局部相似性基本查詢工具(Basic Local Alignment Search Tool)的縮寫。 是由美國國立生物技術信息中心(NCBI)開發的...

2023-10-04 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 20

Day20. 生資pipeline常用的工具

序列資料處理工具: BWA(Burrows-Wheeler Aligner): 用於將定序reads對應到參考基因組上。 PICARD: 用於處理和管理S...

2023-10-05 ‧ 由 桃熊 分享