iT邦幫忙

鐵人檔案

2023 iThome 鐵人賽
回列表
AI & Data

生資的路且重且遠,我要被鴨垮了Q 系列

實驗室一直沒有一個好的課程/學習的管道,當遇到困難的時候不知道要找誰,生資的路,真的有很多可以說的。
想當年,剛進來實驗室,複雜的分析、國網使用、一堆biobank,我真的是滿頭問號...(更別說自己程式不是很厲害ORZ
這次為了我自己的紀錄,與學弟妹們的參考資料,我來寫文了xD

正式版介紹:
在現代生物領域中,生物資訊已經變得不可或缺。它不僅是一門學科,更是一種強大的工具,用於解決複雜的生物學問題,然而對於新手來說,學習生物資訊可能會讓人感到困惑和無所適從。
在這個挑戰賽中,無論你是生物學專業的學生,還是對生物資訊有興趣的人,歡迎你來這系列文下面討論留言與我交流。

鐵人鍊成 | 共 30 篇文章 | 5 人訂閱 訂閱系列文 RSS系列文
DAY 21

Day21. 生資pipeline常用的工具--IGV

**IGV(Integrative Genomics Viewer)**: 功能:用於可視化基因組數據,如比對結果、變異、基因表達等。 安裝:從IGV官方網站...

2023-10-06 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 22

Day22. Germline and Somatic

今天開頭聊聊,為什麼我們要研究genetics,到底有什麼優勢讓我們去研究基因,而不是結果論的phenotype呢? Germline germline mut...

2023-10-07 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 23

Day23. GATK Best Practices

GATK(Genome Analysis Toolkit)是一個用於處理和分析DNA序列數據的開源軟件包,主要用於基因體學研究和生物信息學應用。GATK提供了多...

2023-10-08 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 24

Day24. FastQC--1

FastQC操作,與結果判讀 FastQC簡介 目前的高通量測序技術可以在單次運行中產生數億個序列。在分析此序列以得出生物學結論之前,應該執行一些簡單的質量控制...

2023-10-09 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 25

Day25. FastQC--2

分析結果 圖表化的fastqc報告 Summary 整個報告的目錄,合格會有個綠色的對勾,警告WARN是個" ! ",不合格FA...

2023-10-10 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 26

Day26. 去除Adapter和低質量序列(Trim)

目前整套下來已知: - 前備知識:NGS+次世代定序相關原理與知識(web lab 部份沒有講很多) 檔案格式 FastQC使用 切除Adapter和re...

2023-10-11 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 27

Day27. GATK Germline Pipeline from Data Preparation to Variant Calling (Code)

我們開場先來上兩張圖,第一張圖是設計用來處理一個研究群體的pipeline,第二張圖是單個sample,"per-sample" 步驟主要針...

2023-10-12 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 28

Day28. 詳細解釋Variant calling 步驟

Mark Duplicates # ----------------------------------------- # STEP 3: Mark Dupli...

2023-10-13 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 29

Day29. Variant Filtering and Variant Annotation

恭喜~~~ 我們已經到sample post-processing 的階段了!!!我也快完賽了,雖然還有很多沒有介紹到,但是盡力有背景跟大概的介紹, 變異體篩選...

2023-10-14 ‧ 由 桃熊 分享
DAY 30

Day30. 一些 Variant calling 與 Annotation 工具簡介

Variant calling HaplotypeCaller: 由Broad Institute開發的工具,支援SNP和Indel的檢測。 通過局部de n...

2023-10-15 ‧ 由 桃熊 分享