技術問答
技術文章
iT 徵才
Tag
聊天室
2024 鐵人賽
登入/註冊
問答
文章
Tag
邦友
鐵人賽
搜尋
2023 iThome 鐵人賽
DAY
20
0
AI & Data
生資的路且重且遠,我要被鴨垮了Q
系列 第
20
篇
Day20. 生資pipeline常用的工具
15th鐵人賽
桃熊
2023-10-05 21:55:42
254 瀏覽
分享至
序列資料處理工具:
BWA(Burrows-Wheeler Aligner): 用於將定序reads對應到參考基因組上。
PICARD: 用於處理和管理SAM/BAM文件,包括排序、去重、新增標籤等。
Samtools: 用於SAM/BAM檔案處理、變異體偵測和統計。
FastQC: 用於快速檢查Illumina序列資料的品質。
Trimmomatic: 用於去除低品質序列、adaptor和其他不必要的序列。
變異體(variant)分析工具:
GATK(Genome Analysis Toolkit): 用於變異體分析,包括變異體檢測、基因型統計等。
VarScan: 用於SNP和Indel檢測。
HaplotypeCaller(GATK): GATK(Genome Analysis Toolkit)中的HaplotypeCaller用於變異體檢測,特別是用於單核苷酸多態性(SNP)和插入/缺失(Indel)的發現。 它還能夠以全局的方式建立單體型,從而提供更準確的變異體呼叫。
DeepVariant: DeepVariant是一種深度學習方法,用於變異體分析。 它利用卷積神經網路(CNN)來識別定序資料中的SNP和Indel。 DeepVariant透過訓練神經網路來模擬定序資料的錯誤和變異,從而提高了變異體檢測的準確性。
結構和功能預測工具:
Protein Structure Prediction(蛋白質結構預測): 蛋白質結構預測工具可用於預測蛋白質的三維結構,包括Phyre2、I-TASSER、Rosetta等。 它們透過模擬和分析蛋白質的物理和化學性質,幫助理解蛋白質的功能。
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool): BLAST是一種用於基因組和蛋白質序列的相似性搜尋工具,它可以幫助確定給定序列的同源物種和可能的功能。
InterProScan: InterProScan用於對蛋白質序列進行功能註釋和結構預測。 它可以檢測蛋白質中的結構域、家族和功能模體,提供關於蛋白質功能的有用資訊。
Phylogenetic Analysis Tools(系統發育分析工具): 這些工具用於建構物種間的演化樹,如PhyML、RAxML和MEGA。 透過比較基因或蛋白質序列的演化,可以揭示它們的功能和親緣關係。
Functional Annotation Tools(功能註釋工具): 除了GO(Gene Ontology)註釋工具,還有其他功能註釋工具,如DAVID、PANTHER、Enrichr等,用於幫助解釋基因集合的生物學功能和路徑。
差異表達分析工具:
DESeq2: DESeq2是用於RNA-seq資料中的差異表達基因分析的工具。 它可以識別在不同條件下基因的表達水平差異,並進行統計分析。
limma: limma(線性模型分析)廣泛用於差異表達分析和統計建模。 它可以應用於多種高通量定序數據,包括RNA-seq和微陣列數據。
功能註釋工具:
DAVID(Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery): DAVID是一個功能註釋工具,用於對基因或DNA序列進行註釋、視覺化和整合分析。 它可以幫助研究人員理解基因或DNA的功能和路徑。
GO(Gene Ontology)註釋工具: GO註釋工具用於將基因與Gene Ontology資料庫中的功能術語關聯起來,以便對基因集合進行功能分析。 它有助於理解基因在生物學過程、分子功能和細胞組件方面的作用。
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)註釋工具: KEGG註釋工具用於將基因與KEGG資料庫中的通路和代謝途徑相關聯,以幫助研究人員理解基因在生物化學通路中的作用。
留言
追蹤
檢舉
上一篇
Day19. Sequence Alignment (BLAST)
下一篇
Day21. 生資pipeline常用的工具--IGV
系列文
生資的路且重且遠,我要被鴨垮了Q
共
30
篇
目錄
RSS系列文
訂閱系列文
5
人訂閱
26
Day26. 去除Adapter和低質量序列(Trim)
27
Day27. GATK Germline Pipeline from Data Preparation to Variant Calling (Code)
28
Day28. 詳細解釋Variant calling 步驟
29
Day29. Variant Filtering and Variant Annotation
30
Day30. 一些 Variant calling 與 Annotation 工具簡介
完整目錄
直播研討會
{{ item.subject }}
{{ item.channelVendor }}
{{ item.webinarstarted }}
|
{{ formatDate(item.duration) }}
直播中
立即報名
尚未有邦友留言
立即登入留言
iThome鐵人賽
參賽組數
1064
組
團體組數
40
組
累計文章數
22209
篇
完賽人數
602
人
看影片追技術
看更多
{{ item.subject }}
{{ item.channelVendor }}
|
{{ formatDate(item.duration) }}
直播中
熱門tag
看更多
15th鐵人賽
16th鐵人賽
13th鐵人賽
14th鐵人賽
12th鐵人賽
11th鐵人賽
鐵人賽
2019鐵人賽
javascript
2018鐵人賽
python
2017鐵人賽
windows
php
c#
windows server
linux
css
react
vue.js
熱門問題
要怎知道LINE使用者的使用地址
outlook無法收發信
小公司 兩台Win Server執行 AD Server ,更新電腦後,需要再多加一組Linux 作業系統來運行資料庫採集
伺服器維護廠商
Cisco 防火牆密碼確認正確,可是無法登入
開啟Microsoft Edge 瀏覽器無法開啟網頁,出現錯誤訊息
bat檔截斷問題
NB突然點選桌面文件,會被刪掉
Palo alto防火牆網頁解密問題?
excel 試算表如何自動帶網頁收盤價資料
熱門回答
outlook無法收發信
Palo alto防火牆網頁解密問題?
開啟Microsoft Edge 瀏覽器無法開啟網頁,出現錯誤訊息
伺服器維護廠商
EXCEL 格式化條件 比對KEY來做顏色差異
熱門文章
每日一篇學習筆記 直到我做完專題 :( [Day7]
每日一篇學習筆記 直到我做完專題 :( [Day8]
每日一篇學習筆記 直到我做完專題 :( [Day10]
每日一篇學習筆記 直到我做完專題 :( [Day9]
有機會打爆你的防火牆,最好限制一下防火牆的連線數 Session,PikPak
IT邦幫忙
×
標記使用者
輸入對方的帳號或暱稱
Loading
找不到結果。
標記
{{ result.label }}
{{ result.account }}