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2024 iThome 鐵人賽

DAY 2
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在正式開始之前,我需要先建立開發環境並安裝必要的依賴庫。為了成功處理基因數據,構建一個穩定且高效的開發環境是關鍵。因此,今天的重點將放在環境設置及依賴庫的安裝上,這些準備工作將為後續的基因數據處理、非同步爬蟲及基因表現量計算打好基礎。

首先,我會安裝 Python,這是本次的主要開發工具。我從 Python 官方網站下載並安裝最新版 Python,接著使用 VS Code 作為主要的開發環境。VS Code 是一款輕量且功能強大的編輯器,能夠滿足開發過程中的各項需求。環境設置完成後,我將使用 pip 指令安裝一系列必要的 Python 庫,如下:

pip install pandas biomart aiohttp beautifulsoup4 openpyxl

基本依賴庫介紹:

  1. pandas:這是一個強大的數據處理工具,我們將使用它來讀取 Excel 文件並處理基因數據。pandas 提供了靈活的數據結構,如 DataFrame,可以用來處理大規模的數據。

  2. biomaRt:用來連接 Ensembl BioMart 數據庫,以便我們能夠將基因 Symbol ID 轉換為 Ensembl Gene ID。這個庫提供了方便的 API 來進行基因數據的查詢和檢索。

  3. aiohttp:這是一個非同步 HTTP 客戶端,適合大規模並行爬取網頁數據。在我們的項目中,將用來爬取每個基因的詳細頁面數據。

  4. beautifulsoup4:用來解析 HTML 網頁,我們將使用這個庫來提取基因的起始和結束位置。

  5. openpyxl:用來讀取和寫入 Excel 文件,我們將使用這個庫來保存最終的 RPKM 計算結果。

這些工具的安裝和配置將為我們後續的工作打底,確保在處理後續的大規模基因數據時能夠高效運行。


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