檔案系統(file system) 是作業系統用來組織和管理儲存裝置上的檔案，電腦上的儲存裝置包括 硬碟、固態硬碟、USB flash drive。不同的檔案系統有不同的特性且為不同的作業系統使用。
檔案系統以樹狀結構目錄 (tree-structured directiories) 形式組成 需要存取授權。主要的檔案系統有 FAT, NTFS, HFS, HFS+, APFS, Ext2, Ext3, Ext4 等等。

檔案系統的型態：
Shared Disk File Systems
Disk File Systems
Network File Systems
Database File Systems
Flash File Systems
Tape File Systems
Special Purpose File

Windows File Systems
File Allocation Table (FAT) 使用在 DOS 上，也是第一個使用在 Windows OS 上的檔案系統。許多可移除裝置仍使用這系統。FAT 使用 file allocation table 記錄檔案在磁碟的位置，這也是 FAT 名稱的由來。
FAT 有三個不同版本 (FAT12, FAT16, FAT32) 主要差異是 在 FAT 結構裡項目的大小。
FAT 較不適合於現代作業系統，因為它缺乏檔案許可和 journaling 等先進的特點。

FAT32 支援磁碟大小到 2 terabytes，且有效率使用磁碟空間，並使用小型的 clusters。FAT32 建立 file allocation table 的備份而不是使用預設的 copy。

New Technology File System (NTFS)