iT邦幫忙

2024 iThome 鐵人賽

DAY 7
0

今天我將專注於理解 Ensembl 網站上基因詳細頁面的結構,這對於後續爬取基因的起始和結束位置至關重要。在 Ensembl 網站的基因詳細頁面中,包含了基因的起始位置和結束位置這些關鍵數據。通過這些數據,可以計算出每個基因的長度,並最終將其用於 RPKM 計算。

首先可以手動查看sembl 網站,查詢一個基因的詳細頁面。例如,輸入一個基因的 Ensembl Gene ID 來查詢它的具體位置數據。通過瀏覽器的開發者工具,可以觀察到基因的位置信息通常位於頁面的 "Location" 區域。這些數據包括基因的染色體號、起始和結束位置,這些位置數據對於後續的 RPKM 計算非常重要。

為了進行爬蟲,我們需要設計一個解析 HTML 結構的函數,用來提取基因的起始和結束位置。我們將使用 BeautifulSoup 庫來解析這些數據。以下是解析位置信息的代碼:

from bs4 import BeautifulSoup

# 解析 HTML 內容,提取基因的起始與結束位置
def extract_location(html_content):
    soup = BeautifulSoup(html_content, 'html.parser')
    location_text = soup.find('div', class_='location').find('span').text
    start, end = location_text.split(":")[1].split("-")
    return int(start), int(end)

在這段 code 中,我使用 BeautifulSoup 對 HTML 內容進行解析,並找到 class='location'div 標籤,這個標籤包含基因的位置訊息,且從中提取到基因的起始和結束位置,並將其轉換為整數,最終返回這些數據。

這一步是後續的爬蟲工作的基礎;我利用這個解析函數來從每個基因的詳細頁面中提取基因位置訊息。

通過這些數據,接下來我要計算每個基因的長度,並最終應用於 RPKM 的計算。


上一篇
Day6:清理數據並驗證基因代號轉換結果
下一篇
Day8:基於 Ensembl Gene ID 構建基因詳細頁面的 URL
系列文
從零基礎到實戰:利用網頁爬蟲結合 RPKM 算法計算 COVID-19 感染者肺部基因表達量25
圖片
  直播研討會
圖片
{{ item.channelVendor }} {{ item.webinarstarted }} |
{{ formatDate(item.duration) }}
直播中

尚未有邦友留言

立即登入留言