不談技術面，因為我沒有同時用這三台來比較過，可能要 SI 比較能回答您的問題。
建議您不要網路上看一看就買了，畢竟這可不像買隨身碟一樣單純。就像 januslin 所言，好的 Support 送您上天堂，挑好的 SI 也是很重要的，大公司的 SI 裡面高手如雲，備品也多，出狀況比較能迅速解決。

以下就我自己的經驗提供給您參考：

就管理者在操作介面上來看：

• Cisco 的設定是用 ASDM 軟體，所以比較容易操作。也可以用 Web。不過 ASDM 好像沒有中文。另外 Cisco 功能很複雜，在設定上會比較困難一點，要善用精靈來輔助。
• Fortinet 用 Web 操作，好像有中文介面，畫面很清爽，但是每設定一個東西，頁面就會刷新一次，所以如果你新增的 Policy 或 Object 超過一頁，就要一直拉捲軸，很累。
• Juniper 介面很醜，不想討論。

就 VPN 連線來看：

• Cisco 的 VPN 有 IPSec 和 SSLVPN，但 IPSec 要在 Client 端安裝軟體，而他的 SSLVPN 好像功能有限，沒辦法用像遠端桌面這種服務(這個不確定，因為我試不出來)，所以如果出差在外面要用網咖的電腦連回來，可能有困難。
• Fortinet 的是 SSLVPN，所以不用準備軟體來裝，只要用 Web 連回去就會自動安裝小程式。
• Juniper 的不清楚，我只有用過 Juniper 的獨立 SSLVPN。

功能面我就無從建議了，但是你可以比較他們的規格，然後再看你的預算來決定。

選擇 UTM 方面，給您以下建議：
1.先了解您公司網路的使用量，然後來選擇合適的 UTM 的型號，當然您也可以把未來公司成長性估算進去。
2.有多少人需要使用 VPN 連回公司(正確的說是 concurrent 的 VPN 連線數)，如果只有管理者就沒差。但是如果用的人很多，可以考慮再買一台獨立的 VPN Server 來控管，不要用 UTM。
3.就之前的經驗，UTM 的模組雖然很多，但是是不能全開的，全開效能會掉一半以上，不知道現在的技術有沒有好一點。還有 UTM 的模組都是要另外買的，這兩個部份你都可以問一下 SI，他們應該會告訴你。
4.防毒模組的部份，Cisco 的不清楚，Juniper 用的是 Kaspersky，Fortinet 的是自己開發的，看你的喜好來決定。不過通常 UTM 的防毒只是輔助，公司一定要另外再部署防毒軟體。
5.找 SI 來跟你報告，享受一下ㄉㄧㄤ人的快感。
6.看能不能跟 SI 借機器來測，把所有你要的模組全開，測個一兩個星期，你就知道好不好用了。不過這樣你會比較累，因為所有的規則又要重設。
7.還有如果保固內機器壞了，SI 會怎麼 Support？是換一台新的給您？還是把機器搬回去檢測？若是搬回去檢測時，會不會先借一台給您用？
8.問看看有沒有教育訓練課程，比較大一點的 SI 會有課程可以免費上，這樣你就不用自己啃手冊，有人可以教會學的比較快。

目前想到的就這些，有想到再補，參考看看囉～

只要熟讀手冊會正確使用
通通沒問題

你可以參考這位網友使用Juniper的心得http://www.wretch.cc/blog/why0412/9940084.
或是到防火牆論壇看看其它其它人的意見.