可以試試看用samba掛上windows分享出來的目錄，然後用cronjob把你要的資料copy到這個目錄

有幾個方式提供你參考一下.
1:使用排程程式,將你要上傳的資料,上傳.
2:利用Script,自動定時上傳.

在Windows上裝FTP, 在Unix上寫script, 使用cronjob, 定期將指定檔案上傳到FTP

反過來, Unix 上看看是否有 ftp 或 sftp, 讓 Windows PC 去下載
如果是 ftp, 就寫批次檔加入工作排程, 如果是 sftp, 可以利用 psftp, 一樣寫批次檔加入排程.

這樣的好處是 sftp 可能內建了, 不用安裝 smaba or ftp server. Windows 你又比較熟悉.

PSFTP 可以參考: http://libai.math.ncu.edu.tw/bcc16/6/putty/psftp.html

linux下有一個RSYNC的服務，他的功能類似windows的備份機制，
可以全備份，差異備份等等～備份的速度非常快！
在windwos上可以使用 DeltaCopy這一套軟體，與linux上的rsync配合，
本身可以變成windows service，設定好時間自動幫你把linux上的檔案以你的要求方式
複製到windwos上！目前，我就是用這一個機制，作為我公司linux 系統上MYSQL資料庫備份的異地與第二套備份，下次有空再把這一部份的整個安裝設定跟大家分享！
你也可以先去google一下～資料應該也不少！

這是很基本的需求，不需要安裝任何其他軟體，使用UNIX最基本的功能就可以做到。只要請妳們家IT在UNIX開啟NFS分享，另外從Windows端去掛載該NFS磁區即可。這個設定真的很基本，設定好以後，一勞永逸，IT人員都應該會設。

windows上面安裝FTP server設定好帳號密碼（可以使用windows內建IIS上的FTP server）。

在unix上編輯一個檔案如backup.sh（如放在/script/backup.sh），
=======內容如下=======
#!/bin/sh
dir_file=echo '\*'
cd 要copy的目錄
echo "open windows的IP
quote USER ftp的帳號
quote PASS ftp的密碼
pwd
prompt off
mput $dir_file
bye"|ftp -n > ftp-log.txt
=======內容結束=======
有中文的部份請置換成自己環境的內容

將backup.sh設定可執行，執行如下指令
chmod 755 backup.sh

設定定時執行，輸入crontab -e進入編輯畫面輸入欲執行的時間（如13:05)及程式(/script/backup.sh)
====輸入開始====
5 13 * * * /script/backup.sh
====輸入結束====
各欄位代表
分 時 日 月 週 執行的程式
（離開編輯畫面，如編輯環境是vi的話，請鍵入 :x! ）
如此就會在固定時間下去執行固定程式。（有關crontab的說明請參考鳥哥例行性工作排程 (crontab)）

如有多台UNIX機器有需要，請如法炮製。