1.先從基本的說,伺服器(硬體)代表你要買一台電腦設備,至於要買哪種等級的伺服器,端看貴公司服務的規劃,例如同時會有數千百人上線或是一天只有數百人上線,同時要提供多少服務(執行多少程式),這些從你的提問都看不出來,所以大家應該也無從建議起,
2.假設有了硬體後,要安裝作業系統(也跟預算有關喔),使用Linux通常是免費,但也有些硬體只有支援商業版本的SUSE or Redhat的喔,碰到那種的就得自己找驅動程式,這些最好都先瞭解清楚,Windows Server則須另行購買,價格不斐.
3.伺服器(軟體),如題PHP+MySQL,並不是使用PHP就一定是架在LINUX上,PHP+MySQL除了搭配Apache外,IIS也常有商業用戶使用喔,其實不論是Apache或IIS,對於應用程式的調效,就不是任何一個人能講清楚的,要靠長時間對伺服器的觀察與測試,才可能調整到最佳化.

看你的題目,不像系統管理人員也不像網頁美工(菜鳥另計..),更不像是程式設計人員,也不像企劃人員,只能猜測你是位採購人員,如果是採購,請先向需求單位洽詢需要購買的硬體等級,然後找伺服器品牌經銷商報價即可.
如果很不幸的你並不是採購,只能說你老闆可憐了,觀察你所提出的問題,貴公司可能得搞很久很久的網站了,換句話說,老兄,你可能也危險了.
以下小小錦囊,笑納

如果你是技術相關人員,給你的建議,先用PC架LINUX,把DNS.Web.Mail.SFTP.SSH.Firewall...等應用伺服器架設好,確定你伺服器能執行你所撰寫的PHP程式碼,並能連接上MySQL資料庫,讓你的網站能在網路上被看到,接下來才去想買哪種硬體,這樣你老闆會比較開心,

如果你是企劃人員,快去找個懂整個網站製作流程的人去請教吧,最快最直接,如果你連這樣的人都找不到,企劃<--可能得換個崗位

如果你是網頁設計人員,千萬別不懂裝懂,架站說簡單卻很複雜,未免將來老闆請你美工兼任MIS+電腦採購+資訊中心+ERP+巴拉巴拉...,請告訴你老闆,你是位網頁設計人員,請他去找位系統管理或程式設計

如果你是老闆,我告訴你,不要給熬(假裝懂),去租個Hosting比較適合你,如因需大量的Loading,可以租台實體主機,至於自己買主機的想法,我勸你打消,除非你真的找到懂的人,且有能力規劃,製作,維護,以及日後的更新,否則我保證你的噩夢才剛剛開始.
就經營者而言,其實規劃是最重要的,因為除了規劃外的工作都可以委外,而要規劃出真正適合貴公司的系統,就不是外人能代勞的了,除非你願意花更多的錢找顧問公司= =,在台灣少啊~嘆,再說,相關服務都搞定了,還需要網路頻寬咧,這可是比買伺服器要昂貴多了,呵呵,三思~

為何要使用伺服器而不用PC.主要是為求non-stop service,所以通常買品牌電腦是為了保固的保障,但是並不代表買了品牌電腦就可以non-stop,所以要看你規劃的服務,來決定採購的設備,是比較正確的觀念,當貴公司這方面技術力足夠的時候,通常都使用PC Server或自己組裝就足以應付,且因價格較為低廉,足以購置安全備用,真正做到non-stop,而不是買台品牌電腦,當硬體出問題時,抱著機器跑維修中心,這中斷的時間..嘿嘿嘿,夠你頭疼的喔,

最後~~~兄弟,自己保重了,

網站是PHP架構 資料庫mySQL
未來會加入flash或者flex
有會員資料庫需要做管理

這些和採購哪種伺服器硬體主機沒有多大關係

最近公司想把以前架設的網站移植回來自己管理

貴公司規模多大 ? 多少人 ?

目前公司自己是否有機櫃 ? 預估未來有多少 伺服器硬體主機 ?

您問是否需要 防火牆? 郵件伺服器?

小弟猜可能只有一個網站, 也非一定要買 HP, IBM 等 1U, 2U 伺服器

隨便弄台 PC 就可以了, 機櫃也可以免了

公司上網人數可能也不多, 搞不好 ADSL Modem 內建的防火牆就夠了

網站負荷如果不重, 郵件伺服器可以和網站放在一起

重點 : 資料一定要備份

應該說你這個網站要做什麼用?
你要做5x8 還是要7-24?
你要多少人同步上線?
你的流量有多少?
你資料的重要性及價值性為何?
如果你的網站只是一般的廣告網站,目前隨便一台鳥PC都可以.
如果是5x8這種掛掉影響不大的,鳥PC.如果7-24全年無休,就要買IBM,HP...這種雙電源,熱插患的機種.
如果多人同時上線,你要考量OS可以多少人上線.
如果流量很大,你要聲請比較大頻寬,甚至裝多網卡.
如果你資料很重要,你要考量有磁碟陣列的機種,甚至要異地備緩的機制.

架設網站伺服器需要比較穩定一點的主機，當然也要有防火牆的保護，不然現在駭客這麼多，何時被攻入或因資安問題資料外洩，針對管理者是很不利的。
其實你可以請貴公司配合的IT廠商協助你規劃，藉時你也可以多了解伺服器及其他設備的訊息，對你是有幫助的。
資料的備份一定要做好這才是重點。

如果完全不了解的話
建議先看一下鐵大的伺服器概論

可以考慮Dell PowerEdge R610，支援intel最新的Nehalem架構伺服器，拿來架設web server應該蠻適合的

http://www1.ap.dell.com/content/products/productdetails.aspx/server-poweredge-r610?c=tw&cs=twbsd1&l=zh&s=bsd

基本上對外服務的伺服器還是建議買個大廠的，一般的PC出現題很可能發生找不到相同零件更換的情形，買個大廠牌至少三五年不用擔心零件的問題，如果費用還可以接受，不要跟自己過不去，因為省的可能是小錢，但出問題了責任是自己要負的，而且老闆會覺得當初省那點小錢做什麼。
我個人喜歡用HP，如果初期規模不大，可以考慮買DL-360 1U 的設備，如果有資料庫可以考慮網站跟DB分開。
另外要放公司機架一定是省不了的，要注意機架的大小規格，因為現在教伺服器都很長。
防火牆及防毒當然是一定要的，至少也要有個基礎的防護
如果還有郵件伺服器可以考慮用 HP DL-380 2U的機型
連外網路的部份，如果該網站是提供給外面使用者的，建議將網站及公司內部上網的線路分開，公司內部上網可考慮使用非對稱性的ADSL或光世代，而網站則可考慮對稱性FTTB，目前我是使用 FTTB 6M/6M，一個月8千多

主要還是要看貴公司網站規模大小.網站是內網還是外網?......如果是內網幾十人的網站一般電腦就夠了...既然是 php +mysql ..那就用 linux 省了軟體費用....防火牆?....linux 也內建了......如果是對外的網站...還是建議用主機商的虛擬主機吧...不然還要搞頻寬流量....甚至有可能客戶上線速度慢...