參考一下微軟官方關於檔案伺服器的說明
http://technet.microsoft.com/zh-tw/library/cc758451(WS.10).aspx

建議使用Win2003 R2的版本，而且啟用FSRM 檔案伺服器資源管理這個功能，會有更多更好的管理工具可以使用。

如果只做 File Server, 建議不要再用 2003 了, 直接上 2008 R2 版, 功能更多, 效能更好.

Server 2003 已經快要走完生命週期, 現在買, 用不到幾年, 產品就要停掉了;
(事實上, 微軟提供的 2003 主流支援, 早在 2008 年 7 月底就截止, 延伸支援也只到 2013 年 7 月)
不如花同樣的錢, 直接上最新的 2008 R2 版, 生命週期夠長 (至少還有 7 年以上), 投資報酬率高.

2008 R2 的 DFS 功能也比 2003 穩定, 更多了許多遠端管理的能力.

你如果現在用了 2003, 將來萬一導入 AD, 許多新版的應用軟體還是會要求你升級到 2008 的 AD Schema, 變成用 2003 平台去跑 2008 的 AD Schema, 這樣你會覺得安心嗎?

如果只是做File Server不如拿Linux去做還比較順一點，一直在改版，不累唷？
如果比投資報酬率，Linux Server會最高 ～ XD
也不用怕被BSA追殺 ～ XD
不然你做個比較表讓老闆選阿 ～ XD

真奇怪～台灣的MIS是M$的駐公司的業務代表唷，怎麼解決方案都長得差不多？

支持 2008 R2 的說法

SULA 大大，用WINDOWS 有其原因，例如LINUX SAMBA 不支持目錄/檔案級的權限管理

而大部分企業也有用 AD 的架構，在設計權限集中管理方面會比較好，而且 WINDOWS 內有簡單的核對身份功能，例如誰DEL, READ FILES/FOLDER ....

而 DFS 及 DFS-R 的功能更是在大型的分散式多地點辦公室分支分公司起著重要的作用

SULA 大大你有空GOOGLE 一下DFS 的應用， LINUX 下還沒有同類方案

不曉得您是要重新規劃硬體架構還是使用方法
以我的做法，不管有沒有AD，只要有帳號，開好資料夾權限就可以存取
規劃的部份，最簡單就一個處室一個資料夾，再加上個共用區讓各處室可以分享
管理的部份，硬體如果沒備援，最少也要搞個raid1、5
再來就是自動排程，共用區定期將過期檔案移到非分享區
此目的是防止有人臨時找不到檔案

規劃server 機也要考慮做好備份, 否則出現問題, 什麼也救不了。
可以參考 http://www.ahsay.com/jsp/tc/home/