jQuery不是萬靈丹，雖然他速度很快，但是你對DOM用了幾十個query把結果做出來，再加上資料筆數，這個延遲是很可怕的。對樹做大量的訪問本來就是很吃重的運算。

而且你的操作中，不斷的做訪問與dom tree reflow，這是最影響速度的操作，Javascript本身的速度很快，但是改變DOM時速度就很慢了。通常對於Javascript效能的建議中，有一個重點就是盡量集中做reflow的動作，減少reflow次數，以提高程式效率。這個過程如果還包在迴圈中，後果會更恐怖。

所以在你的例子中，要提高效能的話，建議一次把表格中所有的值parse到一個Object或陣列中，然後再一次產生新的表格。舊的表格就刪掉吧。

建議你看看：
http://www.yuiblog.com/blog/2008/12/23/video-crockford-performance/
<object height="322" width="512"><param name="movie" value="http://d.yimg.com/static.video.yahoo.com/yep/YV_YEP.swf?ver=2.2.46"></param><param name="allowFullScreen" value="true"></param><param name="AllowScriptAccess" value="always"></param><param name="bgcolor" value="#000000"></param><param name="flashVars" value="id=11157560&vid=4141759&lang=en-us&intl=us&thumbUrl=http%3A//l.yimg.com/a/p/i/bcst/videosearch/6543/76907810.jpeg&embed=1"></param><embed allowfullscreen="true" allowscriptaccess="always" bgcolor="#000000" flashvars="id=11157560&vid=4141759&lang=en-us&intl=us&thumbUrl=http%3A//l.yimg.com/a/p/i/bcst/videosearch/6543/76907810.jpeg&embed=1" height="322" src="http://d.yimg.com/static.video.yahoo.com/yep/YV_YEP.swf?ver=2.2.46" type="application/x-shockwave-flash" width="512"></embed></object>Douglas Crockford: "Ajax Performance" @ Yahoo! Video

1萬3千多筆.你8秒完成已經很快了.
但~你要寫什麼系統?
你是寫資料系統?還是寫資訊系統?
一般資訊系統是使用者要什麼就給什麼,有非常多的View去做.比如要看什麼統計,要看哪一個細目.系統可以很快的帶到.
資料系統就跟你寫的一樣,一次好幾萬筆沒處理完整呈現.
一次1萬3千筆.使用者會一筆筆去看嗎?
我覺得你可以用分頁處理.或特殊的運算.比如使用者看到第500筆前,將接下來500筆算出來.
使用者沒看到的就不用Show.

一般都會做分頁吧！
這麼多筆的資料，使用者一次也看不完，我是認為要做分頁，可能是每次10、25、100筆的給，我是會做出動態的連結去切換頁面，連結去Query你要的資料範圍，一來是Query的速度快，再者是使用者那端的資料處理量也不會太大導致處理速度過慢。

如果你想設計一個可以存取大量資料的 UI

你需要懂一些 Javascript 的 奇技淫巧 及 Pure DOM (不倚賴 Library 操作 DOM)

搞這種設計只能硬幹，如果真的在逼不得已的情況下還是得做這玩意

也許你可以參考一下小弟的設計方向

首先，先計算客戶的表格欄與列的數量及儲存格的尺寸大小
（不少的儲存格尺寸皆一致，算其中一個也可以）

然後將表格內的儲存格全部讀出來，存放到陣列變數裡面

事先藏好的容器也只要用三個就好 (左上、左下、右上) 並利用 CSS (position、z-index 屬性) 將容器疊在你表格的上面，再幫它設一個 overflow 的屬性，值為 hidden

當使用者使用凍結欄或列時

可以利用使用者滑鼠在按下畫面時的座標、畫面捲軸的位置、儲存格的寬高、表格的寬高

推測出使用者的欲凍結的是哪一列或哪一欄

然後將計算結果換算成索引位置，並利用欄列長度
去推出左上、左下、右上容器，會用到的儲存格的索引位置

再分別透過這些位置，從陣列變數抽取會用到的資料，放到對應的容器內，顯示在網頁上

至於有關凍結窗格的捲動，除了左上方的可以不需要外

可以根據使用者捲動畫上的水平或垂直捲軸，去決定右上或左下的容器需不需要同步

我這個方法，除可以了達到像 Excel 凍結窗格般的效果外

再效能上有很大的改善，你可以參考一下。