您應該是卡在「功能等級」太高, 與 2003 不相容, 所以無法加入當 DC.

Active Directory 有兩個 Functional Level (功能等級):
一個是 Forest functional level (樹系功能等級)
另個是 Domain functional level (網域功能等級)

全部的網域控制器 (DC) 都必須使用相同的功能等級, 不能混用. 且還有這個限制:
等級較高的作業系統, 可以向下相容較低的功能等級; 但是,
等級較低的作業系統, 不能向上相容較高的功能等級....

所以, 如果你想要在網域裡面使用 2003 或是混用 2008/2003 的 DC, 那麼整個網域的《功能等級》必須以 2003 當基準 (2008 Server 可以設定成: 使用 2003 的功能等級). 但如果你在整個網域採用了 2008 的功能等級, 那麼就會阻止 2003 的作業系統升級成 DC.

回到您的問題, 猜測您應該一開始就是架設 2008 Server, 在這種情境下, 安裝程式因為看不到任何其他較低等級的 DC, 所以會自動將系統安裝成: 使用 2008 的功能等級. 但如此一來, 你就沒有辦法加入 2003 的 DC.

但是, 如果你當初安裝 2008 時, 網域內還有其他的 2003 DC 存在時, 安裝程式就會把 2008 維持在只有 2003 的功能等級, 以便與其他的 2003 DC 相容.

不幸的是, 依照微軟官方的說法, 功能等級只能往上升, 不能往下降:

....After you set the forest functional level to a certain value in Windows Server 2008 R2, you cannot roll back or lower the forest functional level, with one exception: when you raise the forest functional level to Windows Server 2008 R2 and if the Active Directory Recycle Bin is not enabled, you have the option of rolling the forest functional level back to Windows Server 2008. For more information about the Active Directory Recycle Bin, see What's New in AD DS: Active Directory Recycle Bin (http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=141392). You can lower the forest functional level only from Windows Server 2008 R2 to Windows Server 2008. If the forest functional level is set to Windows Server 2008 R2, it cannot be rolled back to Windows Server 2003, for example.

這是官方的說法, 而且你在功能等級的選項中, 也看不到降級的選項, 只能升級.

所以, 如果你的功能等級已經被安裝成 2008 的話, 就無法加入 2003 的 DC.

不過, 這裡有一些非官方的後門作法, 您可以研究看看, 但請自負執行成敗:
TechNet Wiki: How To downgrade or demote Windows Server 2008 R2 Forest and Domain functional Level