其實還是得看規格。如果一開始的規劃，首頁就是用Flash做的(雖然應該要極力避免)，像是一些飯店業者都喜歡走這種調調，那麼只要點選之後的連結可以接到你的其他頁面去，那首頁就這樣也不是太大的問題。

如果是這種情況，那就看內容的部份有沒有需要程式配合的，如果有的話，可能就得用ActionScript+後端的程式(ASP.NET)配合，動態修改內容。

另外一個題外話，首頁用表格來排版已經是種落後的觀念了，用CSS和語義相符的HTML來設計頁面才是王道。

樓主跟貴公司美工的合作開發流程，看來問題很大喔。
首頁要擺什麼內容，RD 跟美工怎麼配合把內容呈現出來，不是要在實作之前就談好了嗎？
要不然最差也是在你發現你程式無法把動態內容放進去時，就要跟美工講，這樣包在一個 swf 裡，你是無法植入內容資料的 (除非 flash 是設計成用 ajax 去後台讀資料)。
所以，這應該不是技術問題，這是貴公司的開發程序問題。如果你無法跟美工溝通，或者美工不聽你的。那麼你應該跟主管反應。否則網友只能建議你，啊就反解譯 swf 檔來改吧！

如果首頁已整個做成flash的話
就開張網頁，將flash檔放入置中就好

但是
以網站觀點來說的話
網站就是要讓人看的

在入口網站做搜尋時
flash並沒有辨法判斷關鍵字(做seo)
無法做seo的話，人們又如何得知你這個網站呢??(找不到)

所以不建議用flash做網頁

以上建議!!
ps：最近我們公司做網頁時，遇到的問題(FLASH型態網頁無法做seo)