可以參考
http://www.wikihow.com/Add-a-Password-to-a-.Bat-File

既然是

heyday提到：
例行性的批次動作

那密碼輸入這個流程不是挺怪的?! @@

<pre class="c" name="code">@echo off
:menu
cls
echo.
echo  ================             
echo.
echo     1.建立密碼  
echo.                
echo     2.執行程式  
echo.
echo     3.更改密碼
echo.                 
echo  ================
echo.
set /p me="請選擇： "
if "%me%"=="1" goto pwd1
if "%me%"=="2" goto pwd2
if "%me%"=="3" goto pwd5
cls
echo.
echo 輸入錯誤 請重新選擇
echo.
pause
goto  menu

:pwd1
if not exist pd goto pwd3
if exist pd goto pwd4
goto end

:pwd2
cls
set pwd=""
set time=5
echo.
echo 請輸入你建立的密碼...
echo.
Set /p PWD="請輸入密碼： "
if %pwd%=="" goto pwd7
attrib -h -r pd1 >nul
echo %pwd% >pd1
attrib +h +r pd1 >nul
fc pd pd1 >nul 
if errorlevel 2 goto pwd7
if errorlevel 1 goto pwd7
if errorlevel 0 goto pwd6
goto end

:pwd3
cls
set pd=""
echo.
echo 請輸入要建立的密碼...
echo.
set /p pd="請輸入新密碼： "
if %pd%=="" goto pwd8
attrib -h -r pd >nul
echo %pd% >pd
attrib +h +r pd >nul
goto menu

:pwd4
cls
echo.
echo 請輸入你的舊密碼
echo.
set /p pd2="請輸入舊密碼： "
attrib -h -r pd2 >nul
echo %pd2% >pd2
attrib +h +r pd2 >nul
fc pd pd2 >nul 
if errorlevel 2 goto pwd7
if errorlevel 1 goto pwd7
if errorlevel 0 goto pwd3
goto end

:pwd5
if not exist pd goto pwd3
if exist pd goto pwd4
goto end

:pwd6
echo.
echo 『把要執行的程式放在這裡(pwd6)！！！』
echo.
goto end

:pwd7
cls
echo.
echo  ************************************
echo  *                                  *
echo  *  密碼錯誤 請重新輸入正確的密碼！ *
echo  *                                  *
echo  ************************************
echo.
echo.
pause
goto menu

:pwd8
cls
echo.
echo  ************************************
echo  *                                  *
echo  *  密碼空白 請重新輸入正確的密碼！ *
echo  *                                  *
echo  ************************************
echo.
echo.
pause
goto menu

:end

試看看這個 把密碼放在其他的檔案裡並隱藏起來
在用比對的方式 來驗證密碼
密碼建立起來後 直接在 @echo off 底下加入 goto pwd2
就不會在出現選單了
把要執行的程式路徑放在 :pwd6 下就可以了
小弟不才 有錯誤的地方在請高手幫忙改囉！！

限制執行該批次檔案權限應該是較好的解法
但是將執行的指令放在.BAT裡頭,對方只要打開.BAT內容還是被看光光
最好還是先封裝成EXE檔比較好,並將該EXE檔設成只有自己有執行權限(手動執行)
另外,也可將EXE檔設在WINDOWS的工作排程(可自動執行),並設定執行身份(設成自己)

http://www.jb51.net/article/32942.htm

參考看看