我的習慣是:
假設設定檔的檔名叫做config.ini,那你可以另外做一個config.ini.sample(取名一目了然就好,也可以叫config.ini.default等等),裡面的帳密、設定都用假的,或是預設值,然後config.ini設定用.gitignore排除。換句話說,設定檔範例的「欄位」需要用git管理(需要的話,可以加說明,例如需要把config.ini.sample改名為config.ini,才能運作等等),但是實際使用的設定檔,則從git排除。
設定檔的定義,是需要版本控制的,但是實際的設定不需要,就看你怎麼定規則來符合你的需求。