推薦VMware vCenter Converter Standalone Client +1
使用這套轉過server 2003結果是成功的可以開機也運作正常
當初也是直接將2003直接轉上後陸續直接在新環境直接建新的2008R2
再將服務轉移過去，另外AD建議不要把所有DC放在虛擬的環境上
建議至少保留一台實體DC

VMware vCenter Converter Standalone Client

可以使用新版 disk2vhd 也很好用

happy760718提到：
另外建置新的

感覺版大的實體2003 server不只有硬體替換的需求也有OS升級的需求。
在超融合式基礎架構（Hyper-Converged Infrastructure）流行的當下，如：使用VMware推的整合式解決方案──EVO：RAIL，建議另外建置新的VM。
參考資料：http://ithome.com.tw/voice/91104

之前我公司也有2000、2003的伺服器要轉虛擬機，使用VMware vCenter Converter Standalone Client熱遷移的話會碰到一個問題就是伺服器上有SQL SERVER的時候遷移完成以後無法從其他台電腦連線，所以目前都使用Acronis 備份出來在還原到虛擬機上，還原後只要把IP改成原來的IP就可以繼續使用。

誠如bigcandy推薦，VMWARE出品，上上之選~
不過，我想提出另個思維...
你想移植的系統，好像除了AD、FTP以外，其他的系統是否有考慮重新建置呢？
AD有認證的獨特性，重建的難度較高！虛擬化是不錯的作法。
FTP則可能會有大量資料，需要考慮移植的可靠度和可用度，虛擬化的效果也許未必是最佳選項。
而其他的伺服器也許可以整合一下，建議在VM裡重裝再調校一下，或許也不用到10對10這樣的虛擬化需求。

想強調的是，一味的虛擬化未必是最佳選項，值得再三考慮和小心驗證。
以求得日後的安心和維護管理上的方便。

可以使用acronis，不過不要使用Home版的。

建議用異機還原的方式還原，成功機率比較高。

先備份實體機器，將備份檔上傳到VM的資料存放區，先建立新的虛擬機器，用acronis的還原光碟開機，將被份檔還原到虛擬機器裡，還原時用異機還原的選項。

小弟測試過 VMware vCenter Converter Standalone Client作轉換，必須要用acronis 9版本的備份檔才能轉換成功。