其實有這樣的問題是不錯，不過如何要能意會的情況下
我先用比較白話的簡單說明來回答你問的問題。

1.php 跟 html 分開，這是怎麼樣的一個概念？
其實這就是mvc的觀念做法。所謂的html，在mvc中，就是屬於v(view)的概念。再早期就是所謂的樣板系統。
答：一般不將php跟html寫在一起的原因是，在看view搭配了php的寫法。實在很難處理對應的排版。
早期是用所謂的樣版系統。在當時的樣板系統，大多數用的方式都是用php先去載入樣板的內容。再依照其規定的一些規則重新產生對應的html。如某一套樣板系統。就是用＜ｆｏｒ＞．．．＜／ｆｏｒ＞這樣的方式來代表要跑for。載入內容後，會重新解析搭配原來的php中的for將其對應完成。
認真來說，不將php跟html寫在一起的最大原因，其實就是為了程式的判讀因素。

2.我目前沒有使用框架，所以現在網站的寫法是舊的，礙於時間壓力，不可能打掉重練，但至少我想將框架的邏輯慢慢地改到現在的網站上，我想到的第一個就是 connect資料庫互動了，以往我是上面宣告語句，下面是 while ($row = mysqli_fetch.... 的寫法將資料撈出，幾乎會附帶 html 在裡面，而不是純粹的 json 格式，想問問這種方式能如何灌入 OOP的概念，進行改進？
答：認真來說，這就是利用了mvc中的m(model)原理。來達到你想要的資料處理。當然這得捨棄了在view直接操作資料庫輸出。而是利用了model，從中獲取資料庫的值轉變為變數。再交回變數給view做輸出處理。這其實就是一種容器的觀念。介接的觀念。
目的也是為了與第1點所說明的情況，將其化成物件來應用。化成物件來應用也有一個好處。同樣的資料可以在多個地方使用。不需要再一次與資料庫做連接處理。降低資料庫的命令運行。

3.我看了不少 OOP的影片教學(國外)，每個人 OOP mysqli寫法幾乎不相同，我想確定的是大大們是怎樣的寫法？我只想找到一個最安全的寫法...(我的目標是讓其他人也看得懂我的程式碼)
答：你會看到不同的寫法，大多是因為物件應用的不同。其實資料庫的應用語法不外手就是函數或是物件的處理應用。但由於正統的資料庫寫法是需要「連接」->「取用庫」->「命令」->「輸出」等行為。其中「連接」「取用」這兩個動作幾乎都是相同的。(除非你是要做多重式連結多庫應用)
所以採用物件來省略掉需要在一般程式中這兩個動作。你的做法因該是會在函式中處理。物件的做法則是會採用直連接，只給命令，跟定義要輸出的方式就好了。認真來說，db庫跟物件你並不太需要擔心別人會看不太懂你的程式碼。至於所謂最安全的寫法。這一直都是寫程式最大的目標。但所謂最安全的寫法，這得要看你的場合環境來決定。也得要靠經驗。你並不能說，找到一套很安全的寫法。
但就認為一切沒事的搞錯語法，安全的東西也會被搞的不安全了。

4.有用到的 class function再引入，沒有用到就不引入，於是我找到了 namespace的概念，但我始終仍是不懂這個運作邏輯，即便有看了 live coding，卻不知道怎麼套用到現在的舊有寫法，不曉得有沒有大大有推薦或經驗的取代寫法？
答：這個問題，說真的很難給你一個標準的答案。因為這還得知道你目前的寫法應用。是否有所謂的簡單改法。說真的，站在一個過來人的經驗。所謂簡單的改法，是只有高階程度的人員，才有資格這樣說。因為他們一定了解看得懂程式的規劃應用，然後去思考如何去簡單處理及應用。但我並不太認為你有辦法做到這樣的程度。且這也不是一套方法或方式就能一次解決你想要的。還是只能靠個人的經驗來決定的。所以這部份是沒辦法給你答案的。

以上你可以好好的去思考我說的東西，你會發現，有很多東西還是需要依靠經驗來處理。

我很喜歡推薦大家去看這個免費的教學影片系列

https://laracasts.com/series/php-for-beginners

樓長發問的幾個問題，這個影片都有系統地提到，而且可以透過實際動手去學到這些概念。