先處理數字(和.)的部份
再去接後面的 AAAA/BBBB
試試看

int k = 0;
int j = 0;

for (int i = 30; i < rece.Length; i++)
{
    textBox3.Text += j++ + ".";
    if (rece.Length > 99) 
    {  //三位數及以下
      textBox3.Text = textBox3.Text.ToString().PadLeft(4, '0');
    }
    else 
    {  //小於三位數
      textBox3.Text = textBox3.Text.ToString().PadLeft(3, '0');
    }

    textBox3.Text += rece[i].ToString("X2");
    if (k % 2 != 0)
    {                    
        textBox3.Text += "\r\n";                    
    }                                     
    k++;
}

請參考MSDN官方文件
Standard Numeric Format Strings

for (int i = 0; i < rece.Length; i++)
    if (rece.Length < 10)
    {
        // 印出 1. 2. 至多到 9.
        textBox3.Text += i.ToString("D") + "." + rece[i]; 
    }
    else if (rece.Length < 100)
    {
        // 印出 01. 02. 至多到 99.
        textBox3.Text += i.ToString("D2") + "." + rece[i]; 
    }
    else
    {
        // 印出 001. 002. 至多到 999.
        textBox3.Text += i.ToString("D3") + "." + rece[i]; 
    }
}

001 應該是因為 ToString("D3") 的緣故,
如果改成 ToString("D6") 就變成 000001

C# 好囉嗦喔XD

我是用 js 的思維去改的

ideone

using System;

public class Test
{
	public static void Main()
	{
		int[] rece = new int[500];
		for (int i = 1; i <= rece.Length; i += 1) {
			Console.WriteLine(new String('0', Math.Abs((i.ToString().Length) - 3)) + i.ToString());
		}
	}
}

想要幾位數就改

(i.ToString().Length) - 位數)

就好

所以你要的

根據使用者輸入 來變更位數

就把使用者輸入的值(筆數)轉字串取長度

放到位數

C# 有一個String.Format 可以設定數值的字串格式
可以參考下方程式碼：

string myNumStr = String.Format("{0:00000.0000}", 876.54); // 輸出 00876.5400

其中00000.0000 代表整數有5位，小數點後有4位
只要整數位不足5位，或者小數點後不足4位數，就補0

https://docs.microsoft.com/zh-tw/dotnet/api/system.string.format?view=netframework-4.8

用ToString()就可以達成

string txtlist = txt_count.Tostring(); //總數轉字串取得位數

string strlen="";

for(int i=0;i<txtlist.Length;i++)
    strlen += "0";

若多個textBox要轉換,可以指定元件限制掃的範圍

foreach(Control x in (Your_form Or Item).Controls)
{
    //"textBox" + item_num 要轉換的元件名稱 ex: 1,2...etc whatever
    //若textBox有順序item_num跑迴圈便可,或用list紀錄名稱都可
    if(x is TextBox && x.Name == "textBox" + item_num)
    {
        string[] txt_spilt = x.Text.Split('.');
        
        x.Text = Convert.ToInt32(txt_spilt[0]).ToString(strlen) +"."+ txt_spilt[1];
    }
}

若只需單一個textBox

string[] txt_spilt = textBox3.Text.Split('.');
textBox3.Text=Convert.ToInt32(txt_spilt[0]).ToString(strlen) +"."+ txt_spilt[1];