小小淺見給你參考：
製造業理應要遵循一物一料原則，一個成品/半成品的產品BOM一定只有一個，而工程BOM才可能因不同研發時期發展出多個，最終工程BOM發行才生成一個產品BOM。

公司若以成本利益考量上來看，基本上此塑料(簡稱ITEM A)應優先採用A模具去製作，若A模具不夠用的時候，才去使用B模具，所以認為A模具與B模具於ITEM A的BOM中的元件特性應屬於回收料，而同時A與B應存在替代關係(SUB)。

ITEM A的標準成本分析上應把使用A模具與B模具的料工費去混算，才是此料真正的標準成本。

假如以A模具一PCS成品需要用10g原料，B模具一PCS成品需要20g原料

這二種模具，做出來的成品，拿到市場上出售時，是同一個價格嗎？

耗料有誤差，在所難免，在某個標準值內，是可以接受的，到誤差到２倍，就匪夷所思了，這已經不是討論成本問題了，是生產管理問題了。

產品,商品 分開來看. 除了模具以外,若是有多個製造地點,主客觀條件都不同(人力成本,水電等),
但是對客戶來說,就是同一商品.
例如你今天到某家便利商店購買某種飲料,可能有多個工廠生產,但是若是工廠不同,賣你不同價錢,
這是屬於較少的情況,比較特殊的商品,大多是相同價格,內部的差異是由便利商店的系統他們去處理.

對於你們的情況,若把製造部門,與其他部門在ERP裡面分開,都是單獨的.相當於銷售部門對製造部門下單,商品是一種,但是製造部門就可以內部是多種產品去對應此商品.

採用商品, 產品, 多個BOM編號,商品對應多個產品. 各自結算.

軟體 版本 有 垂直分版 跟 平行分版
就跟 WINDOWS版本一樣
垂直分版: 就是 升級, 功能升級 或 BUG修補 而不同版, 比如 WIN10 X.X.X 版, WIN7 等等, 盡量向下相容!
平行分版: 就是 費用不同而不同版, 比如WIN10 標準版/企業版, 一定無法彼此相容!
通常 除了 BUG修補 不好意思收$外, 其他都要另外收費!
所以
結論是 依成本來分版!
BOM 也可以依循 此方式來分版
就是 依成本來分版!
公司是營利事業 一切 向錢看!

如果生產出來是不同的商品，那有不一樣的BOM是合理的。

以生產來說，模具A跟模具B很明顯是不一樣的模具，會產出不同的商品也會有各自的BOM。以可口可樂來說，就算是一樣的內容物(可口可樂)，不一樣的包裝(寶特瓶/鋁罐)，就代表是不同的商品(產品編號、條碼、售價都不一樣)，包材的結構也是不一樣的，那就是不同的BOM了。

標準BOM表的應用以財務面來看，是用在當生產工單無法在投料當月完成時該工單生產任務時用來暫時認列當月生產在製成本比例(也就是標準成本)依據，但在完成生產任務的當月，該工單仍需結算總投入生產成本與之前標準成本的認列差異；如果該工單可於投料當月完成工單生產任務，則以當月實際投入的料工費來結算該工單實際成本，標準BOM此時便用不上。

BOM表對於生產端的應用，則區分更細，EBOM是對於研發階段的工程用料清單，MBOM則是用量產階段製程用料清單，對於生產而言都是在於方便生管進行MRP滾算OR展開用料申請的應用等料況掌控的用途。