先把 excel 另存成 csv (test.csv)，內容應該如下

檔案名稱,檔案位置
001.pdf,D:\AAA
002.pdf,D:\AAA
003.pdf,D:\BBB

再用下面的 bat 去處理

@echo off
For /F "skip=1 tokens=1,2,3 delims=," %%I in (.\test.csv) do (
	if exist %%J\%%I (
		echo.%%J\%%I exists
	) else (
		echo.%%J\%%I >> not-exists.txt
	)
)

執行完 not-exists.txt 內容為

D:\AAA\001.pdf 
D:\BBB\003.pdf  

當然，如果只要檔名，那就將原始碼改為

@echo off
For /F "skip=1 tokens=1,2,3 delims=," %%I in (.\test.csv) do (
	if exist %%J\%%I (
		echo.%%J\%%I exists
	) else (
		echo.%%I >> not-exists.txt
	)
)

如果想對 excel 直接操作，建議使用 python 或其他語言，批次檔這種東西比較適合讀純文字檔案。
或者也可以先寫一個批次檔將 excel 檔案先轉為 csv，再用另一個批次檔去處理 csv。總之方法有很多，就是不想直接用批次檔操作 excel 資料。

如果是python
1、先把你的pdf清單存成一個txt檔
2、python內容

import os

log = list()
with open("log.txt","wt",encoding="utf-8") as logfile:
    with open("list.txt","rt") as filelist:
        for ln in filelist:
            l = ln.strip().split(' ') 
            # 整理讀進來的資料並拆成資料夾入及檔案名
            file = l[0]
            dir = l[-1]
            targfile = os.path.join(dir,file)
            if not os.path.exists(targfile):
                logfile.write(f"找不到{targfile}\n")