我猜你是想問 git 怎麼做的吧...
可以稍微參考文件:
https://git-scm.com/book/zh-tw/v2/Git-Internals-Plumbing-and-Porcelain
https://git-scm.com/book/zh/v2/Git-%E5%86%85%E9%83%A8%E5%8E%9F%E7%90%86-Git-%E5%AF%B9%E8%B1%A1

在這種情況下，可能是因為 Windows 的搜尋索引尚未更新，導致無法找到新添加的檔案。你可以嘗試以下步驟來解決這個問題：

1. 手動重新建立搜尋索引：

   • 開啟「控制台」。
   • 在控制台中，搜尋「索引選項」並選擇進入。
   • 在「索引選項」視窗中，點擊「進階」按鈕。
   • 在「進階選項」視窗中，切換到「檔案類型」選項卡。
   • 找到你的 Git 儲存庫所在的目錄，確保相應的檔案類型被選中。在這種情況下，你可能需要選中 .txt 或 .git 以確保搜尋可以找到檔案。
   • 點擊「確定」以保存設定。
   • 返回「索引選項」，在一般選項中點擊「重新建立」。

2. 使用命令列重新建立索引：

   • 打開命令提示字元。

   • 在命令提示字元中，使用以下命令重新建立整個 Windows 索引：

     rd /s /q "C:\ProgramData\Microsoft\Search\Data\Applications\Windows"
     rd /s /q "C:\ProgramData\Microsoft\Search\Data\Temp"
     rd /s /q "C:\Users\<YourUsername>\AppData\Local\Packages\Microsoft.Windows.Search_cw5n1h2txyewy\LocalState\AppIconCache"
     

   • 這些命令將刪除 Windows 搜尋索引的相關資料。接下來，你需要重新啟用 Windows 搜尋索引：

     start "Search" /wait searchui
     

   • 這將啟動 Windows 搜尋並開始重建索引。重建過程可能需要一些時間，視系統中的檔案數量而定。

一旦完成上述步驟，Windows 搜尋應該能夠找到你在 Git 分支中新增的檔案。如果問題仍然存在，可能需要等待一段時間，讓 Windows 自動更新索引。

個人覺得 aaa.txt 是存在於 01 分支中，切換分支後看不到應該很正常，否則版本控制上應該會有點模糊不清、顯示上也會較為複雜？

若是你單純想在 main 分支上查看 01 分支的那個 aaa.txt。
這邊提供一個指令給您嘗試，此語法可以在不切換分支的狀況下、查看該文字檔的內容：

git show [branch-name]:[file-name]

我自己這邊測試如下截圖，其中「This is aaa file.」是那個 aaa.txt 檔案內容：

不是很懂

1.你是想要知道Git是怎麼運作把它隱藏起來的?
2.還是問為什麼看不到那個檔案?

我只能說2的部分，1的部分你可能要查查他怎麼做切換可以使windows顯示如此

01 分支新增了檔案 aaa.txt
切換到 main 分支
此時你並沒有做merge動作，main分支固然是看不到新檔案的

我舉個例

01 分支 你更新了 BB.PDF檔案，此檔案是用來下載查看的
切換到 main 分支

你認為main應該是舊的還是新的BB.PDF? 當然是舊的，沒道理你還沒做合併或更新，就自己更新了吧XD