1.機台跟辦公的資料會放在同一台嗎?
放在一台具高可用性的設備上比分成兩台不具高可用性的設備來得推薦(假設兩者成本相當)

2.移轉資料夾會建議[機台]或[辦公]那個優先移?
全部都在同步完成後才開放使用，誰先誰後差異不大(主要考量資料變動率所影響最後一次同步時間)

3.若[辦公]資料夾較複雜,會建議依各部門移轉,或是依資料夾去移轉,己減少影響的部門?
為何依資料夾去移轉可以減少影響的部門? 你這聽起來是要邊用邊轉，不推。

4.新的路徑會使用GPO掛載到使用者的電腦上嗎?或是使用捷徑的方式?
看原先使用的方案需不需要調整修正，因地制宜。

不知道您的型號
我用的是群輝的,新舊都是
他有一個功能叫做資料轉移(備份)
利用禮拜六到公司(沒人使用)
開啟轉移後就可以離開(也可以周五下班用)
這樣周一就可以用了

另一個方法
周一開下去轉移(每日備份)
週三應該就會同步好了
利用早上瞬間更換IP還有NAS名稱
就可以無痛轉移了

因為我們的NAS是線上作業NAS
所以資料完整性很重要
以上給您參考

如果你是用Windows Server，我的作法是
1.將共用資料夾都轉成DFS
2.將資料夾目標指到舊的Server
3.建立複寫，把舊Server的資料夾複寫到新的Server
4.等複寫都完成了，將資料夾目標指到新的Server，然後刪除舊資料夾目標，使用者會直接存取新Server
5.持續一段時間，如果都沒有問題，把複寫移除
過程中User根本不知道Server變了
至於使用者存取是要用路徑還是捷徑，看自己的習慣，我是習慣將用磁碟機代號

先對DFS的部份說明：
我目前管理超過1PB資料量（熱資料），關於DFS複寫的部份，若資料量少，是可以考慮使用，但資料量大的話不建議使用，建議改用 robocopy + 排程來處理資料轉移，它同樣有鏡射、權限複製、LOGS等功能，並且可以多執行序（MT/預設8）並列處理資料，處理速度比DFS快非常多，我在實務上轉移檔案的過程大致如下：

1. 兩台FS AP都有加入網域。
2. 兩台FS AP各自加入對方的Administrators群組（角色＝電腦）
3. 撰寫好Robocopy批次指令，參數包含 /mt:4 /mir /COPYALL /B /R:0 /W:0 /UNICODE /LOG+:file ... 這有點雜，詳細請上網爬一下，有很多教學
4. 測試Robocopy是否如預期
5. 於來源FS AP上配置上述Robocopy排程，執行權限改成SYSTEM
6. 觀察LOG，若ROBOCOPY異動量變得很少且穩定，安排特定時間公告轉移
7. 轉移當天中止舊FS共用，再作最後一次Robocopy同步資料，完成後啟用新的FS共用，重新發布共用路徑給用戶，並停用或刪除上述Robocooy排程。
8. 確認用戶使用上沒問題，結案。

我這邊環境是是有AD的，所以可以搭配DFS的另一個「命名空間」虛擬路徑的功能，讓用戶連接這個虛擬路徑，不是直接連接實體主機，所以我只要改好DFS內空間資料夾位置對應，用戶端不用任何異動即可繼續使用。

題外話，DFS給AD抄寫同步沒問題，畢竟資料量小，但若作為檔案伺服器同步，效能差微軟認證過，畢竟一開始我也是想著用用內建的DFS可以同步，設定又簡單，沒想到效能差到不行，請微軟直接協助後，最後也只能使用DFS以外的方案。

回到正題：

1. 資源許可的話，機台用的跟辦公用的FS分開，畢竟機台與辦公對象不同，可以透過防火牆隔離不同的來源，降低風險。
2. 轉移的優先權取決於你們，一般來說，若機台運作中會頻繁存取FS，並且沒有FS的話會影響機台運作或生產的話，機台優先。
3. 你能夠介入直接搬移，並且也有權限的話，請自己作，搬移資料重點是帶著原本的權限，如前面DFS的說明，人性不可能全部人都很積極，請他們自己搬看似把問題都給他們，但上層給你的deadline絕對不可能讓他們拖，最終資料搬的零零落落，用戶還是會跑來跟你靠北，靠北事小，掉資料導致公司損失，他們一定會推給你。
4. 有AD，就使用網域群組原則管理，配置一個FS專用的GPO群組，將FS主機拉進去使用同樣的GPO就OK，若是用戶端的掛載路徑，原本針對用戶端掛載路徑的GPO調整一下就OK，只是調整後務必讓全部的用戶重新登入，讓用戶端重新套用GPO。當然，若公司沒有硬性規定該如何掛載，只要告訴用戶如何連接就好，當然，若用戶原本是連接「命名空間」位置，那用戶啥事都不用作。