安裝好Server Core之後，開機登入後，相信大部分的使用者會昏倒，因為傳統的桌面上只有底色，上面只顯示了一個命令列的視窗，其它什麼東西都沒有！這個命令列視窗只有一個許久沒看到的「C:\>」提示符號孤單顯示在黑色背景當中，過去DOS基本的指令，如「DIR」等還是可以順利使用，讓人不得不想起過去「DOS」的時光，還好大部分的指令也都還記得。不過要讓Server Core真正能運作，需要進一步的設定。
Server Core的安裝方式下雖然較為精簡，但是能提供的服務都是最常使用，它支援的伺服器角色有「DNS」、「DHCP」、「檔案伺服器」、「印表機伺服器」、「唯讀型網域控制站」、「輕量型目錄服務」、「IIS網頁伺服器」及「串流多媒體服務」。如果伺服器僅要使用這些服務，甚至只設定一種角色時，Server Core的安裝方式的確非常合適，讓伺服器可以發揮最大的效果。

在設定任何扮演的角色之前，最重要的還是要將網路功能設定好，接下來其它的工作才能完成。利用命令列模式來設定的確是一大挑戰，就和微軟過去的作法類似，它還是採用自家的設定方式，不像Linux或是其它UNIX類型作業系統有著通用的命令方式，就算各家的參數有點差異，困難度也不會太高。反觀Windows Server 2008的作法，其執行命令都比較特殊，連設定參數都讓人眼花瞭亂。在Server Core當中，與網路相關的設定都需要使用「NETSH」這支程式，像網路卡位置或是防火牆功能等，都是如此，要節省設定時間，最好把手冊好好的看一看。

設定好網路之後，可以加入新的本機使用者、群組設定功能後，接下來的一些工作與設定，除了使用命令列直接下指令外，亦可使用遠端的電腦執行「電腦管理」功能，利用微軟的MMC(Microsoft Management Console)嵌入式管理單元來做相關功能的管理，如檔案伺服器中共享的資源，或是使用者帳號與群組的管理等，還有其它的管理工作亦可完成，但是要完全能掌控，Server Core這端還是要做好一些其它基本設定才行。

除了做為特別的角色伺服器外，Server Core的模式最適合放在分公司使用，例如當它加入網域之後，做為唯讀型的網域控制站(RODC)，其資料都是來自於一般的網域控制站，平時是不需要管理調整，若是毀損或是出現其它問題時，都能用最短的時間恢復。