接下來來介紹的是醫療資訊系統的設計，依據上偏所述的系統需求規格書規範內容，將其功能轉換成系統實施階段所必需的系統架構則屬於系統設計階段，設計在資訊系統建置程序屬於設計、程式撰寫、程序測試三項技術程序的第一步

設計階段由技術層面分為資料設計、結構設計、程序設計、介面設計四種設計方向

• 資料設計(data design)
  將資訊範圍分析所獲得的資訊模式進一步轉換為程式撰寫階段所需要的資料架構(data structure)。
• 結構設計(architectural design)
  將功能處理分析所進行的功能項目與處理程序進一步細化。
• 程序設計(procedural design)
  將結構元件轉換成系統處理程序描述。
• 介面設計(interface design)
  延續系統介面分析所獲得的具體成果，強調建立輸出訊息與人機介面間叫互作用的機制。

設計階段由管理層面分為初始設計、細部設計兩種

• 初始設計(preliminary design)
  將使用者需求轉換為資料與軟體架構，也就是模組間的連結與整個系統的邏輯組織骨幹。
• 細部設計(detail design)
  著重於細化系統得資料結構與演算邏輯的表達設計。
  在兩個設計範疇內，將主導前面四種技術層面設計的產生。

參考:醫學資訊管理學(華杏出版)