既然是FreeNAS上的資料庫, 那一定不是用Microsoft SQL Server.
那, 有什麼原因一定要用Windows Server 2012 R2? 虛擬化?

因為FreeNAS是Linux Based的系統, 能使用的資料庫系統只有Linux平台上常見的MySQL/PostgreSQL等等, 雖然在Windows平台上也有這些資料庫系統的安裝套件, 但, 樓主更應注意的是資料庫檔案的備份與回存.

樓主是準備建兩個虛擬機器, 建議是購買Windows Server 2012 R2標準版, 在20000多台幣的授權費裏, 就可以合法安裝兩台Windows Server 2012 R2標準版虛擬機.
Essentials版本雖然便宜, 但不能安裝虛擬機.

而如果想安裝Linux虛擬機, 就沒有虛擬機數量限制, 只受限於主機硬體效能而已.

買Server或PC, 建議是買Server, 不要買PC當Server用, 一旦正式上線連線人數增加, Server的效能絕對比PC高很多.
主機的選擇, 要看樓主公司有沒有機櫃, 我猜是沒有, 這樣要購買直立式的主機...建議可以考慮購買Dell PowerEdge T320 立式伺服器.
以E5-2420 CPU * 1, 500GB硬碟 * 2, 32GB RAM, 大約7, 8萬元左右可以買到.
跑Windows Server 2012 R2及兩個虛擬機, 足足夠用.

樓主提到的ThinkServer RS140/TS140, 隨便加些擴充, 價位就直奔10萬元以上.

以上, 提供您參考.

您有提到要裝 2 台 VM, 也是要用 Server 2012 ?
windows server 2012 R2 essential 是沒送 VM 授權的,
若裝的是其他 OS 就沒關係
標準版有含 2個 Server 2012 VM 授權, 這有 CPU 數的限制需注意

至於中毒問題得裝防毒, 再來儘量保持 Client 是乾淨的環境, 不然怎麼防都沒用
客戶中數百台電腦鮮有中毒狀況, 這是我們便用的經驗, 希望對您有幫助

若主要動機是為了防毒，得確定原因是否真的是 FreeNAS 本身中毒（機率不高）。

倒是比較有可能是透過網路硬碟空間傳遞了中毒檔案。（被中毒的 Client PC 改寫）

若是這個原因，換不換系統並不能解決你的問題。

頂多由 Windows 平台的防毒軟體較多選擇，可以幫忙做偵測，隔絕、管理在網路硬碟上感染檔案。

不然換了系統提供服務問題仍在。

會不會想裝ANTI-VIRUS??
FYI# http://markit.serveblog.net/wordpress/2011/05/23/freenas-%E5%AE%89%E8%A3%9D-clamav-%E5%8F%8A%E6%8E%92%E7%A8%8B/

如果一定要更改現有設備. 步驟如下
1.) 先設定好MONITOR TOOL~~市面很多EXP# PRTG (超方便)
2.) MONITOR 一定的時間, 如1~4週 (收集好資料)
3.) 知道使用量, 我想你再預算機型就簡單了.

REMARK# 上便很多先進意見都很對.FILE SERVER 沒有其他OPERATION 又沒有開放其他PORT 應很難有機會中毒. 還是檢查一下CLIENT, 機會較大

用 PC 或用 server 看您的預算和需求，重點通常是：
1.您需要多久/多即時的保固和服務？通常 server 有比較長的保固、比較快的服務
2.您需要多好的硬體規格？一般來說廠商刻意將高階規格留給 server，例如 SAS 或 5 年保硬碟

預算許可，當然選 server。

此外，所謂 FreeNAS 中毒，應該是指有含 "for Windows 的病毒" 的檔案被存放在上面，而非 FreeNAS 本身中毒。
UN*X 一類由於相依性問題，基本上要中毒有相當程度的困難，現在很多人都把木馬/蠕蟲/病毒/入侵滲透/DoS,DDoS..等完全和在一起講，才會搞得好像 UN*X 很容易中毒。
UN*X 也有掃毒軟體，免費的如 ClamAV 大廠如 McAfee 都有出。

我比較想知道你的工作內容？
IT 人員的話~
買什麼機型請洽詢專業人員~
ex.DELL、IBM
如果你神到可以自己準備 server LV 的設計~
那應該不會來這裡問了吧~

單純採購人員的話~
這應該都不歸你管~
貴公司的 IT 人員領薪水領心酸的嗎？

你把 DB 跟資料分享系統份在同一台主機裡？
是覺得 DB 不重要嗎？DB 是哪一種？
M$ SQL 的話~除非你有辦法轉資料庫，
不然需要 SERVER 2012 跟 M$ SQL 不用懷疑~

但是你說用 FreeNAS 卻是 UNIX base~
從文章內容看起來就像是張飛打岳飛~